sccmec

Tags: sccmec staphylococcus-aureus mrsa antimicrobial-resistance typing sample-scope

Identifica elementos SCCmec em genomas de Staphylococcus aureus.

Utiliza o SCCmec para identificar o elemento Staphylococcal Cassette Chromosome mec (SCCmec) em montagens de Staphylococcus aureus. O tipo é previsto com base na presença de complexos gênicos específicos de mec e ccr.

Entradas

record (
    meta: Record,
    fna: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
fna	Path	Contigs montados no formato FASTA

Saídas

record (
    meta: Record,
    tsv: Path,
    targets: Path,
    target_details: Path,
    regions: Path,
    regions_details: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
tsv	Path	Arquivo principal de resultados com a tipagem SCCmec
targets	Path	Resultados BLAST para sequências-alvo
target_details	Path	Resultados detalhados para correspondências de alvos
regions	Path	Resultados BLAST para regiões SCCmec
regions_details	Path	Resultados detalhados para correspondências de regiões SCCmec
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log específicos do programa (opcionais)
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do sccmec

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--sccmec_min_targets_pident	inteiro	90	Identidade percentual mínima para contar um hit de alvo
--sccmec_min_targets_coverage	inteiro	80	Cobertura percentual mínima para contar um hit de alvo
--sccmec_min_regions_pident	inteiro	85	Identidade percentual mínima para contar um hit de região
--sccmec_min_regions_coverage	inteiro	93	Cobertura percentual mínima para contar um hit de região

Usado Por

Subworkflows

• sccmec - Identifica elementos SCCmec em genomas de Staphylococcus aureus.

Workflows

• sccmec - Tipagem de cassetes SCCmec em montagens de Staphylococcus aureus.

Citações

Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• sccmec
  Petit III RA, Read TD sccmec: A tool for typing SCCmec cassettes in assemblies (GitHub)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

SCCMEC:
    - sccmec: 1.2.0