roary

Tags: pangenome orthology core-genome alignment bacteria run-scope

Análise rápida de pan-genoma de procariotos em larga escala.

Utiliza o Roary para calcular o pan-genoma de uma coleção de montagens procarióticas anotadas. Gera um alinhamento de genes do core e uma tabela de presença/ausência de genes.

Entradas

record (
    meta: Record,
    gff: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
gff	Set<Path>	Lista de arquivos GFF3 a serem analisados (tipicamente do Prokka)

Saídas

record (
    meta: Record,
    aln: Path?,
    csv: Path?,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
aln	Path?	Alinhamento do genoma core no formato FASTA
csv	Path?	Tabela de presença/ausência de genes
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do Roary

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--roary_use_prank	boolean	false	Usar PRANK em vez de MAFFT para o gene core
--use_roary	boolean	false	Usar Roary em vez de PIRATE no subworkflow 'pangenome'
--roary_i	integer	95	Percentual mínimo de identidade para blastp
--roary_cd	integer	99	Percentual de isolados em que um gene deve estar presente para ser considerado core
--roary_g	integer	50000	Número máximo de clusters
--roary_s	boolean	false	Não dividir parálogos
--roary_ap	boolean	false	Permitir parálogos no alinhamento core
--roary_iv	number	1.5	Valor de inflação MCL

Utilizado Por

Subworkflows

• roary - Constrói um pan-genoma a partir de anotações GFF3 usando Roary.

Citações

Se você utilizar esta ferramenta em sua análise, por favor cite o seguinte.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• Roary
  Page AJ, Cummins CA, Hunt M, Wong VK, Reuter S, Holden MTG, Fookes M, Falush D, Keane JA, Parkhill J Roary: rapid large-scale prokaryote pan genome analysis. Bioinformatics 31, 3691-3693 (2015)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

ROARY:
    - roary: 3.13.0