rgi_main

Tags: resistance antimicrobial-resistance card rgi amr sample-scope

Prever resistência a antibióticos a partir de montagens.

Utiliza o RGI (Resistance Gene Identifier) para prever resistomas a partir de dados de proteínas ou nucleotídeos com base em modelos de homologia e SNP, usando o Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD).

Entradas

record (
    meta: Record,
    fna: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
fna	Path	Contigs montados no formato FASTA

Saídas

record (
    meta: Record,
    tsv: Path,
    json: Path?,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
tsv	Path	Resultados do RGI em formato separado por tabulações
json	Path?	Resultados do RGI em formato JSON
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros Principais do RGI

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--rgi_use_diamond	boolean	false	Usar DIAMOND para alinhamentos em vez do BLAST
--rgi_include_loose	boolean	false	Incluir hits soltos além dos hits estritos e perfeitos
--rgi_exclude_nudge	boolean	false	Excluir hits deslocados de soltos para estritos
--rgi_frequency	boolean	false	Representar amostras com base no perfil de resistência
--rgi_category	string		Organizar genes de resistência com base em uma categoria (opções: drug_class, resistance_mechanism, gene_family)
--rgi_cluster	string		Usar o algoritmo de agrupamento hierárquico do SciPy para agrupar linhas (genes de AMR) ou colunas (amostras) (opções: samples, genes, both)
--rgi_display	string	plain	Especificar opções de exibição para categorias (opções: plain, fill, text)

Utilizado Por

Subworkflows

• rgi - Prever resistência antimicrobiana a partir de dados de proteínas ou nucleotídeos.

Workflows

• rgi - Predição de genes de resistência a antibióticos usando RGI.

Citações

Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• Resistance Gene Identifier (RGI)
  Alcock BP, Raphenya AR, Lau TTY, Tsang KK, Bouchard M, Edalatmand A, Huynh W, Nguyen A-L V, Cheng AA, Liu S, Min SY, Miroshnichenko A, Tran H-K, Werfalli RE, Nasir JA, Oloni M, Speicher DJ, Florescu A, Singh B, Faltyn M, Hernandez-Koutoucheva A, Sharma AN, Bordeleau E, Pawlowski AC, Zubyk HL, Dooley D, Griffiths E, Maguire F, Winsor GL, Beiko RG, Brinkman FSL, Hsiao WWL, Domselaar GV, McArthur AG CARD 2020: antibiotic resistome surveillance with the comprehensive antibiotic resistance database. Nucleic acids research 48.D1, D517-D525 (2020)

• DIAMOND
  Buchfink B, Xie C, Huson DH Fast and sensitive protein alignment using DIAMOND. Nat. Methods. 12, 59-60 (2015)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

RGI_MAIN:
    - rgi: 6.0.5