rgi_heatmap

Tags: resistance antimicrobial-resistance card rgi heatmap visualization run-scope

Crie mapas de calor de presença/ausência de genes de resistência.

Utiliza o RGI (Resistance Gene Identifier) para gerar mapas de calor que visualizam a presença ou ausência de genes de resistência antimicrobiana em múltiplas amostras com base nos resultados JSON do RGI.

Entradas

record (
    meta: Record,
    json: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
json	Set<Path>	Lista de resultados do RGI em formato JSON

Saídas

record (
    meta: Record,
    heatmap: Set<Path?>,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
heatmap	Set<Path?>	Arquivos de mapa de calor em vários formatos (CSV, EPS, PNG)
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log específicos do programa (opcionais)
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Usado Por

Subworkflows

• rgi - Prediz resistência antimicrobiana a partir de dados proteicos ou nucleotídicos.

Workflows

• rgi - Predição de genes de resistência a antibióticos usando RGI.

Citações

Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• Resistance Gene Identifier (RGI)
  Alcock BP, Raphenya AR, Lau TTY, Tsang KK, Bouchard M, Edalatmand A, Huynh W, Nguyen A-L V, Cheng AA, Liu S, Min SY, Miroshnichenko A, Tran H-K, Werfalli RE, Nasir JA, Oloni M, Speicher DJ, Florescu A, Singh B, Faltyn M, Hernandez-Koutoucheva A, Sharma AN, Bordeleau E, Pawlowski AC, Zubyk HL, Dooley D, Griffiths E, Maguire F, Winsor GL, Beiko RG, Brinkman FSL, Hsiao WWL, Domselaar GV, McArthur AG CARD 2020: antibiotic resistome surveillance with the comprehensive antibiotic resistance database. Nucleic acids research 48.D1, D517-D525 (2020)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

RGI_HEATMAP:
    - rgi: 6.0.5