quast

Tags: quast assembly quality-control n50 metrics sample-scope

Ferramenta de Avaliação de Qualidade para Montagens de Genomas.

Usa o QUAST para avaliar montagens de genomas calculando diversas métricas como N50, contagem de genes e tamanho da montagem.

Entradas

record (
    meta: Record,
    fna: Path,
    tsv_meta: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Record Groovy contendo informações da amostra
fna	Path	Contigs montados no formato FASTA
tsv_meta	Path	Arquivo de metadados contendo informações sobre o tamanho de referência

Saídas

record (
    meta: Record,
    tsv: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Record com informações da amostra
tsv	Path	Relatório transposto no formato TSV
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do Quast

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--quast_contig_thresholds	string	0,1000,10000,100000,250000,1000000	Lista de limites de comprimento de contig separados por vírgula
--quast_plots_format	string	pdf	Salvar gráficos no formato especificado (opções: emf, eps, pdf, png, ps, raw, rgba, svg, svgz)

Usado Por

Subworkflows

• quast - Avaliar a qualidade da montagem usando QUAST.

Workflows

• quast - Avaliação de qualidade de contigs montados usando QUAST.

Citações

Se você usar esta ferramenta em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• QUAST
  Gurevich A, Saveliev V, Vyahhi N, Tesler G QUAST: quality assessment tool for genome assemblies. Bioinformatics 29, 1072-1075 (2013)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

QUAST:
    - quast: 5.3.0