prokka

Tags: prokka annotation prokaryotic bacteria genbank gff sample-scope

Anotar genomas procarióticos.

Utiliza o Prokka para anotar rapidamente genomas bacterianos, archaeais e virais, produzindo arquivos de saída compatíveis com padrões, incluindo GFF3, GenBank e Sequin.

Entradas

record (
    meta: Record,
    fna: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
fna	Path	Contigs montados no formato FASTA

proteins: Path?
prodigal_tf: Path?

Nome	Tipo	Descrição
proteins	Path?	Arquivo FASTA de proteínas confiáveis para anotar primeiramente
prodigal_tf	Path?	Arquivo de treinamento a ser usado para predição de genes

Saídas

record (
    meta: Record,
    gff: Path,
    gbff: Path,
    fna: Path,
    faa: Path,
    ffn: Path,
    sqn: Path,
    fsa: Path,
    tbl: Path,
    txt: Path,
    tsv: Path,
    blastdb: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
gff	Path	Anotação no formato GFF3, contendo tanto sequências quanto anotações
gbff	Path	Anotação no formato GenBank, contendo tanto sequências quanto anotações
fna	Path	Arquivo FASTA de nucleotídeos das sequências de contigs de entrada
faa	Path	Arquivo FASTA de proteínas das sequências CDS traduzidas
ffn	Path	Arquivo FASTA de nucleotídeos de todos os transcritos preditos (CDS, rRNA, tRNA, tmRNA, misc_RNA)
sqn	Path	Arquivo no formato ASN1 "Sequin" para submissão ao GenBank
fsa	Path	Arquivo FASTA de nucleotídeos das sequências de contigs de entrada, utilizado pelo tbl2asn
tbl	Path	Arquivo de Tabela de Features para submissão ao NCBI
txt	Path	Estatísticas resumidas relacionadas às features anotadas encontradas
tsv	Path	Arquivo separado por tabulação de todas as features (locus_tag, ftype, len_bp, gene, EC_number, COG, product)
blastdb	Path	Um arquivo tar.gz comprimido de bancos de dados BLAST+ dos contigs, genes e proteínas
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log específicos do programa (opcionais)
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo formatado em YAML com versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do Prokka

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--prokka_proteins	string	${projectDir}/data/proteins.faa	Arquivo FASTA de proteínas confiáveis para anotar primeiramente
--prokka_prodigal_tf	string		Arquivo de treinamento a ser usado pelo Prodigal
--prokka_compliant	boolean	false	Forçar conformidade com Genbank/ENA/DDJB
--prokka_centre	string	Bactopia	ID do centro de sequenciamento
--prokka_coverage	integer	80	Cobertura mínima na proteína de consulta
--prokka_evalue	string	1e-09	Limite de e-value para similaridade
--prokka_opts	string		Opções extras do Prokka entre aspas.
--prokka_debug	boolean	false	Ativar modo de depuração para o Prokka

Usado Por

Subworkflows

• prokka - Anotar genomas bacterianos com informações funcionais.

Workflows

• bactopia - Pipeline abrangente de análise bacteriana para caracterização genômica completa.
• pangenome - Análise de pan-genoma com filogenia opcional do genoma central.
• prokka - Anotação rápida de genoma completo de genomas bacterianos, archaeais e virais.
• staphopia - Pipeline de análise abrangente para isolados de Staphylococcus aureus.

Citações

Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• Prokka
  Seemann T Prokka: rapid prokaryotic genome annotation Bioinformatics 30, 2068-2069 (2014)

• Aragorn
  Laslett D, Canback B ARAGORN, a program to detect tRNA genes and tmRNA genes in nucleotide sequences. Nucleic Acids Res. 32(1):11-6 (2004)

• Barrnap
  Seemann T Barrnap: Bacterial ribosomal RNA predictor (GitHub)

• CD-HIT
  Li W, Godzik A Cd-hit: a fast program for clustering and comparing large sets of protein or nucleotide sequences. Bioinformatics 22, 1658-1659 (2006)

• HMMER
  Eddy SR Accelerated Profile HMM Searches. PLoS Comput. Biol. 7, e1002195 (2011)

• Infernal
  Nawrocki EP, Eddy SR Infernal 1.1: 100-fold faster RNA homology searches. Bioinformatics 29(22), 2933-2935 (2013)

• MinCED
  Skennerton C MinCED: Mining CRISPRs in Environmental Datasets (GitHub)

• nhmmer
  Wheeler TJ, Eddy SR nhmmer: DNA homology search with profile HMMs. Bioinformatics 29, 2487-2489 (2013)

• Prodigal
  Hyatt D, Chen G-L, LoCascio PF, Land ML, Larimer FW, Hauser LJ Prodigal: prokaryotic gene recognition and translation initiation site identification. BMC Bioinformatics 11.1 119 (2010)

• RNAmmer
  Lagesen K, Hallin P, Rødland EA, Stærfeldt H-H, Rognes T, Ussery DW RNAmmer: consistent annotation of rRNA genes in genomic sequences. Nucleic Acids Res 35.9: 3100-3108 (2007)

• SignalP
  Petersen TN, Brunak S, von Heijne G, Nielsen H SignalP 4.0: discriminating signal peptides from transmembrane regions. Nature methods 8.10: 785 (2011)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

PROKKA:
    - prokka: 1.15.6