pneumocat

Tags: pneumocat streptococcus-pneumoniae capsular-typing serotyping sample-scope

Tipagem capsular de Streptococcus pneumoniae a partir de reads Illumina.

Utiliza o PneumoCaT (Pneumococcal Capsular Typing) para atribuir tipos capsulares a Streptococcus pneumoniae usando uma abordagem em duas etapas: primeiro correspondendo reads a um banco de dados global, depois utilizando uma abordagem baseada em mapeamento para diferenciação de sorogrupos específicos.

Usa campos de registro posicionais explícitos para reads:

• Entrada: record(meta, r1, r2) onde cada slot de read é Path

Resultados negativos causarão códigos de saída diferentes de 0 no PneumoCaT

Entradas

record (
    meta: Record,
    r1: Path,
    r2: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
r1	Path	Reads R1 Illumina (paired-end)
r2	Path	Reads R2 Illumina (paired-end)

Saídas

record (
    meta: Record,
    xml: Path?,
    txt: Path?,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
xml	Path?	Arquivos de resultado do PneumoCaT em formato XML
txt	Path?	Arquivo contendo informações de cobertura ao longo dos genes
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log específicos do programa (opcionais)
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo formatado em YAML com versões dos programas

Utilizado Por

Subworkflows

• pneumocat - Realiza a tipagem capsular de Streptococcus pneumoniae a partir de dados NGS.

Workflows

• pneumocat - Atribuição de tipo capsular a Streptococcus pneumoniae a partir de reads de sequenciamento.

Citações

Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• PneumoCaT
  Kapatai G, Sheppard CL, Al-Shahib A, Litt DJ, Underwood AP, Harrison TG, and Fry NK Whole genome sequencing of Streptococcus pneumoniae: development, evaluation and verification of targets for serogroup and serotype prediction using an automated pipeline. PeerJ, 4, e2477. (2016)

• Bowtie2
  Langmead B, Salzberg SL Fast gapped-read alignment with Bowtie 2. Nat. Methods. 9, 357-359 (2012)

Fonte

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Versão

PNEUMOCAT:
    - pneumocat: 1.2.1