plasmidfinder

Tags: plasmid replicon typing identification mobility amr sample-scope

Identifique tipos de replicons de plasmídeos em sequências bacterianas e montagens.

Utiliza o PlasmidFinder para identificar tipos de plasmídeos (tipagem por replicon), consultando a montagem do genoma em um banco de dados de sequências de plasmídeos. Esta é uma etapa fundamental para compreender a mobilidade de genes de resistência e virulência.

Entradas

record (
    meta: Record,
    fna: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
fna	Path	Contigs montados no formato FASTA

Saídas

record (
    meta: Record,
    json: Path,
    txt: Path,
    tsv: Path,
    genome_seq: Path,
    plasmid_seq: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
json	Path	Resultados do PlasmidFinder em formato JSON
txt	Path	Resultados do PlasmidFinder em formato de texto
tsv	Path	Resultados do PlasmidFinder delimitados por tabulação com informações de tipagem por replicon
genome_seq	Path	Sequências FASTA dos hits de plasmídeos encontrados no genoma (comprimidas com gzip)
plasmid_seq	Path	Sequências de plasmídeos de referência correspondentes (comprimidas com gzip)
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do PlasmidFinder

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--plasmidfinder_mincov	number	0.6	Cobertura mínima percentual para ser considerado um hit
--plasmidfinder_threshold	number	0.9	Limiar mínimo de identidade

Utilizado Por

Subworkflows

• plasmidfinder - Identificar replicons de plasmídeos em montagens de genomas bacterianos.

Workflows

• plasmidfinder - Bactopia Tool: Plasmidfinder.

Citações

Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• PlasmidFinder
  Carattoli A, Zankari E, García-Fernández A, Voldby Larsen M, Lund O, Villa L, Møller Aarestrup F, Hasman H In silico detection and typing of plasmids using PlasmidFinder and plasmid multilocus sequence typing. Antimicrobial Agents and Chemotherapy 58(7), 3895-3903. (2014)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

PLASMIDFINDER:
    - plasmidfinder: 2.1.6