pirate

Tags: pan-genoma orthologs core-genome gene-presence-absence epidemiology annotation run-scope

Pangenome Identification and Reconciliation Analysis Tool for Epidemiology (PIRATE).

Utiliza o PIRATE para construir o pan-genoma de uma coleção de isolados bacterianos. Ele agrupa genes ortólogos e gera o alinhamento do genoma core e uma matriz de presença/ausência de genes, compatível com ferramentas de análise downstream como Scoary para testes de associação.

Entradas

record (
    meta: Record,
    gff: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
gff	Set<Path>	Uma lista de arquivos de genoma anotados no formato GFF3

Saídas

record (
    meta: Record,
    aln: Path?,
    csv: Path?,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
aln	Path?	O alinhamento do genoma core (*core-genome.aln.gz), adequado para construção de árvores filogenéticas
csv	Path?	Matriz de presença/ausência de genes no formato CSV, compatível com Scoary
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Um arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do PIRATE

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--use_pirate	boolean	false	Usar PIRATE em vez de panaroo no subworkflow 'pangenome'
--pirate_steps	string	50,60,70,80,90,95,98	Limites de identidade percentual a serem usados na construção do pan-genoma
--pirate_features	string	CDS	Recursos delimitados por vírgula a serem usados na construção do pan-genoma
--pirate_para_off	boolean	false	Desativar a identificação de parálogos
--pirate_z	boolean	false	Manter todos os arquivos intermediários do PIRATE
--pirate_pan_opt	string		Argumentos adicionais a serem passados para a construção do pan-genoma.

Usado Por

Subworkflows

• pirate - Constrói um pan-genoma a partir de anotações GFF3 usando PIRATE.

Citações

Se você usar esta ferramenta em sua análise, por favor cite o seguinte.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• PIRATE
  Bayliss SC, Thorpe HA, Coyle NM, Sheppard SK, Feil EJ PIRATE: A fast and scalable pangenomics toolbox for clustering diverged orthologues in bacteria. Gigascience 8 (2019)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

PIRATE:
    - pirate: 1.0.5