phispy

Tags: genomics virus phage prophage bacteriophage identification annotation sample-scope

Prever regiões de profagos integradas em genomas bacterianos.

Utiliza o PhiSpy para identificar regiões de bacteriófagos integrados (profagos) em um genoma bacteriano completamente anotado. A predição se baseia na pontuação de características como troca de fita, desvio AT, proteínas únicas semelhantes a fagos e regiões codificantes curtas.

Entradas

record (
    meta: Record,
    gbff: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
gbff	Path	Arquivo de genoma anotado no formato GenBank

Saídas

record (
    meta: Record,
    tsv: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
tsv	Path	Coordenadas (início/fim) de cada região de profago prevista no genoma
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do PhiSpy

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--phispy_number	inteiro	5	Número de genes consecutivos em uma região de tamanho de janela que devem ser genes de profago para serem identificados como tal
--phispy_mincontigsize	inteiro	5000	Tamanho mínimo do contig (em pb) para ser incluído na análise. Contigs menores serão descartados.
--phispy_windowsize	inteiro	30	Tamanho da janela de genes consecutivos a ser examinada para encontrar fagos
--phispy_nonprophage_genegaps	inteiro	10	O número de genes não relacionados a fagos entre profagos
--phispy_phage_genes	inteiro	1	O número mínimo de genes que devem ser identificados como pertencentes a um fago para que a região seja incluída
--phispy_randomforest_trees	inteiro	500	Número de árvores geradas pelo classificador Random Forest
--phispy_opts	string		Opções extras entre aspas para o PhiSpy

Usado Por

Subworkflows

• phispy - Predição de profagos a partir de genomas bacterianos.

Workflows

• phispy - Predição de profagos em genomas bacterianos e arqueais.

Citações

Se você usar esta ferramenta em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• PhiSpy
  Akhter S, Aziz RK, and Edwards RA PhiSpy: a novel algorithm for finding prophages in bacterial genomes that combines similarity- and composition-based strategies. Nucleic Acids Research, 40(16), e126. (2012)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

PHISPY:
    - phispy: 5.0.6