pbptyper

Tags: bacteria streptococcus-pneumoniae penicillin amr resistance pbp typing sample-scope

Prever o tipo de Proteína de Ligação à Penicilina (PBP) de montagens de Streptococcus pneumoniae.

Utiliza o PBPtyper para detectar variações nos três genes PBP chave (pbp1a, pbp2b e pbp2x) em S. pneumoniae. A tipagem desses genes é essencial para prever susceptibilidade reduzida ou resistência total à penicilina e outros antibióticos $\beta$-lactâmicos.

Entradas

record (
    meta: Record,
    fna: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
fna	Path	Contigs montados no formato FASTA

Saídas

record (
    meta: Record,
    tsv: Path,
    blast: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
tsv	Path	Arquivo de resumo delimitado por tabulação com o tipo PBP previsto para cada gene
blast	Path	Arquivo delimitado por tabulação com os hits brutos do TBLASTN usados para identificação dos genes
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do pbptyper

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--pbptyper_min_pident	inteiro	95	Percentual mínimo de identidade para considerar um hit
--pbptyper_min_coverage	inteiro	95	Percentual mínimo de cobertura para considerar um hit

Utilizado Por

Subworkflows

• pbptyper - Prever os tipos de proteína de ligação à penicilina (PBP) de Streptococcus pneumoniae a partir de montagens de genoma.

Workflows

• pbptyper - Tipagem de Proteína de Ligação à Penicilina (PBP) para Streptococcus pneumoniae.

Citações

Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• pbptyper
  Petit III RA pbptyper: In silico Penicillin Binding Protein (PBP) typer for Streptococcus pneumoniae assemblies (GitHub)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

PBPTYPER:
    - pbptyper: 2.0.0