pasty

Tags: bacteria pseudomonas-aeruginosa serogroup o-antigen typing blast sample-scope

Prever o sorogrupo O-antígeno de isolados de Pseudomonas aeruginosa.

Utiliza o Pasty (sorogrupagem in silico de isolados de Pseudomonas aeruginosa) para prever o sorogrupo O-antígeno, pesquisando no genoma montado genes associados a sorogrupos específicos dentro do locus O-antígeno.

Entradas

record (
    meta: Record,
    fna: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
fna	Path	Contigs montados no formato FASTA

Saídas

record (
    meta: Record,
    tsv: Path,
    blast: Path,
    details: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
tsv	Path	Arquivo de resumo delimitado por tabulação com o sorogrupo O-antígeno previsto
blast	Path	Arquivo delimitado por tabulação com todos os hits brutos do BLAST usados para a previsão
details	Path	Arquivo delimitado por tabulação com hits detalhados de genes para cada sorogrupo testado
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log específicos do programa (opcionais)
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do pasty

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--pasty_min_pident	inteiro	95	Identidade percentual mínima para contabilizar um hit
--pasty_min_coverage	inteiro	95	Cobertura percentual mínima para contabilizar um hit

Usado Por

Subworkflows

• pasty - Prever sorogrupos de Pseudomonas aeruginosa a partir de montagens.

Workflows

• pasty - Sorogrupagem in silico de isolados de Pseudomonas aeruginosa.

Citações

Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• pasty
  Petit III RA pasty: in silico serogrouping of Pseudomonas aeruginosa isolates (GitHub)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

PASTY:
    - pasty: 2.2.1