panaroo_run

Tags: pan-genoma orthologs core-genome gene-presence-absence graph-based annotation run-scope

Análise rápida e escalável de pangenoma bacteriano usando uma abordagem baseada em grafos.

Utiliza o Panaroo para agrupar genes de múltiplos genomas bacterianos anotados em grupos ortólogos, corrigindo divisões e fusões de genes. As saídas principais são a matriz de presença/ausência de genes (o pan-genoma) e um alinhamento do genoma central (para filogenética).

Entradas

record (
    meta: Record,
    gff: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
gff	Set<Path>	Lista de arquivos de genoma anotado no formato GFF3 (entrada obrigatória)

Saídas

record (
    meta: Record,
    aln: Path?,
    filtered_aln: Path?,
    csv: Path?,
    panaroo_csv: Path?,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
aln	Path?	O alinhamento do genoma central (*core-genome.aln.gz), adequado para construção de árvore filogenética
filtered_aln	Path?	O alinhamento do genoma central com regiões altamente recombinantes filtradas
csv	Path?	Matriz de presença/ausência de genes no formato CSV compatível com Roary
panaroo_csv	Path?	Matriz de presença/ausência de genes no formato CSV nativo do Panaroo
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do Panaroo Run

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--panaroo_mode	string	strict	O modo de rigor para executar o panaroo (opções: strict, moderate, sensitive)
--panaroo_alignment	string	core	Gera alinhamentos de genes centrais ou de todos os genes (opções: core, pan)
--panaroo_aligner	string	mafft	Alinhador a ser usado para o alinhamento do genoma central/pan (opções: mafft, prank, clustal)
--panaroo_core_threshold	number	0.95	Limiar de amostras do genoma central
--panaroo_threshold	number	0.98	Limiar de identidade de sequência
--panaroo_family_threshold	number	0.7	Limiar de identidade de sequência da família proteica
--panaroo_len_dif_percent	number	0.98	Corte de diferença de comprimento
--panaroo_merge_paralogs	boolean	false	Não dividir parálogos
--panaroo_opts	string		Opções adicionais para passar ao panaroo

Usado Por

Subworkflows

• panaroo - Constrói um pan-genoma a partir de anotações GFF3 usando Panaroo.

Citações

Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• Panaroo
  Tonkin-Hill G, MacAlasdair N, Ruis C, Weimann A, Horesh G, Lees JA, Gladstone RA, Lo S, Beaudoin C, Floto RA, Frost SDW, Corander J, Bentley SD, Parkhill J Producing polished prokaryotic pangenomes with the Panaroo pipeline. Genome Biology 21(1), 180. (2020)

• MAFFT
  Katoh K, Standley DM MAFFT multiple sequence alignment software version 7: improvements in performance and usability. Mol. Biol. Evol. 30, 772-780 (2013)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

PANAROO_RUN:
    - panaroo: 1.6.0