nohuman_run

Tags: human contamination decontamination scrubbing reads kraken2 nohuman sample-scope

Remova reads humanos de dados de sequenciamento.

Utiliza o nohuman para classificar e remover reads humanos de arquivos FASTQ usando um banco de dados Kraken2 construído a partir dos genomas do Human Pangenome Reference Consortium (HPRC). Suporta reads Illumina paired-end e single-end.

Banco de Dados Necessário

Requer o banco de dados Kraken2 do nohuman. Use o módulo nohuman/download ou forneça um banco de dados pré-existente via --nohuman_db.

Entradas

record (
    meta: Record,
    r1: Path?,
    r2: Path?,
    se: Path?,
    lr: Path?
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Groovy Record contendo informações da amostra
r1	Path?	Reads R1 Illumina (paired-end forward)
r2	Path?	Reads R2 Illumina (paired-end reverse)
se	Path?	Reads Illumina single-end
lr	Path?	Reads longas (ONT/PacBio)

db: Path

Nome	Tipo	Descrição
db	Path	Diretório ou tarball comprimido contendo o banco de dados Kraken2 do nohuman

Saídas

record (
    meta: Record,
    special_meta: Record,
    r1: Path?,
    r2: Path?,
    se: Path?,
    lr: Path?,
    scrub_report: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro de informações da amostra
special_meta	Record	Um registro de metadados simplificado para junção de relatórios downstream
r1	Path?	Reads forward paired-end após remoção
r2	Path?	Reads reverse paired-end após remoção
se	Path?	Reads single-end após remoção
lr	Path?	Reads longas após remoção
scrub_report	Path	Relatório resumido das reads removidas durante a limpeza
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log específicos do programa (opcionais)
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do Nohuman Run

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--nohuman_db	string		Caminho para o diretório ou tarball do banco de dados nohuman
--nohuman_confidence	number	0.0	Pontuação mínima de confiança do Kraken2 para classificação (0.0-1.0)
--nohuman_human	boolean	false	Inverte a saída para manter apenas as reads humanas em vez de removê-las
--nohuman_save_report	boolean	false	Salva o relatório de classificação do Kraken2

Usado Por

Subworkflows

• nohuman - Remova reads humanos de dados de sequenciamento usando nohuman.

Citações

Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• Kraken2
  Wood DE, Lu J, Langmead B Improved metagenomic analysis with Kraken 2. Genome Biology, 20(1), 257. (2019)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

NOHUMAN_RUN:
    - bactopia-teton: 1.1.4