nohuman_download
Tags: bacteria database download human decontamination kraken2 nohuman run-scope
Baixe o banco de dados nohuman para remoção de reads humanos.
Obtém o banco de dados baseado em Kraken2 utilizado pelo nohuman para classificar e remover reads humanos de conjuntos de dados de sequenciamento. O banco de dados é construído a partir de genomas do Human Pangenome Reference Consortium (HPRC).
Este processo requer uma conexão ativa com a internet e espaço em disco suficiente para armazenar os arquivos do banco de dados Kraken2.
Saídas
record (
db: Path?,
db_tarball: Path?,
logs: Set<Path?>
)
| Campo | Tipo | Descrição |
|---|---|---|
db | Path? | O diretório do banco de dados Kraken2 do nohuman |
db_tarball | Path? | Um tarball comprimido do banco de dados (se solicitado via parâmetros) |
logs | Set<Path?> | Arquivos de log opcionais específicos do programa |
Parâmetros
Parâmetros de Download do Nohuman
| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição |
|---|---|---|---|
--nohuman_db | string | Caminho para o banco de dados nohuman ou diretório para baixá-lo | |
--nohuman_db_version | string | Versão do banco de dados a ser baixada (padrão: última versão HPRC) | |
--nohuman_save_as_tarball | boolean | false | Salvar o banco de dados nohuman como um tarball |
--download_nohuman | boolean | false | Baixar o banco de dados nohuman para o caminho indicado por --nohuman_db |
Usado Por
Subworkflows
- nohuman - Remove reads humanos de dados de sequenciamento usando nohuman.
Citações
Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
Kraken2
Wood DE, Lu J, Langmead B Improved metagenomic analysis with Kraken 2. Genome Biology, 20(1), 257. (2019)
Fonte
Versão
NOHUMAN_DOWNLOAD:
- bactopia-teton: 1.1.4