ngmaster

Tags: bacteria neisseria-gonorrhoeae serotype typing mast porb tbpb sample-scope

Sorotipagem e Tipagem de Sequência Multi-Antígeno (MAST) de Neisseria gonorrhoeae.

Utiliza o NG-MASTER para identificar os alelos dos genes porB e tbpB em montagens de N. gonorrhoeae, que é a base do esquema de genotypagem MAST reconhecido internacionalmente.

Entradas

record (
    meta: Record,
    fna: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
fna	Path	Contigs montados no formato FASTA

Saídas

record (
    meta: Record,
    tsv: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
tsv	Path	Resultados do NG-MASTER delimitados por tabulação com alelos porB e tbpB e tipo de sequência
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do ngmaster

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--ngmaster_csv	boolean	false	gera saída no formato separado por vírgulas (CSV) em vez de separado por tabulações

Utilizado Por

Subworkflows

• ngmaster - Realiza a tipagem de sequência multi-antígeno de Neisseria gonorrhoeae a partir de montagens de genoma.

Workflows

• ngmaster - Tipagem de sequência multi-antígeno de Neisseria gonorrhoeae.

Citações

Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• ngmaster
  Kwong J, Gonçalves da Silva A, Schultz M, Seeman T ngmaster - In silico multi-antigen sequence typing for Neisseria gonorrhoeae (NG-MAST) (GitHub)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

NGMASTER:
    - ngmaster: 2.0.0