ncbigenomedownload

Tags: ncbi download genome assembly fasta genbank utility run-scope

Baixe arquivos de montagem e anotação do banco de dados Assembly do NCBI.

Utiliza o ncbi-genome-download para buscar eficientemente uma ou mais montagens completas de genomas e seus arquivos associados de anotação e relatório no servidor FTP do NCBI, com base em números de acesso, nome de espécie ou ID de montagem.

Entradas

accessions: Path?

Nome	Tipo	Descrição
accessions	Path?	Caminho para um arquivo de texto contendo uma lista de números de acesso do NCBI Assembly (um por linha)

Saídas

record (
    meta: Record,
    gbff: Set<Path?>,
    fna: Set<Path?>,
    rm: Set<Path?>,
    features: Set<Path?>,
    gff: Set<Path?>,
    faa: Set<Path?>,
    gpff: Set<Path?>,
    wgs_gbk: Set<Path?>,
    cds: Set<Path?>,
    rna: Set<Path?>,
    rna_fna: Set<Path?>,
    report: Set<Path?>,
    stats: Set<Path?>,
    accessions: Set<Path?>,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro de informações da amostra
gbff	Set<Path?>	Formato GenBank da(s) sequência(s) genômica(s) (*_genomic.gbff.gz)
fna	Set<Path?>	Formato FASTA da(s) sequência(s) nucleotídica(s) genômica(s) (*_genomic.fna.gz)
rm	Set<Path?>	Saída do RepeatMasker para eucariotos
features	Set<Path?>	Arquivo de texto delimitado por tabulação com localizações e atributos de um subconjunto de features
gff	Set<Path?>	Anotação da(s) sequência(s) genômica(s) no formato GFF3 (*_genomic.gff.gz)
faa	Set<Path?>	Formato FASTA dos produtos proteicos acessados (*_protein.faa.gz)
gpff	Set<Path?>	Formato GenPept dos produtos proteicos acessados
wgs_gbk	Set<Path?>	Formato de arquivo flat GenBank do master WGS
cds	Set<Path?>	Formato FASTA das sequências nucleotídicas correspondentes a todas as features CDS
rna	Set<Path?>	Formato FASTA dos produtos de RNA acessados
rna_fna	Set<Path?>	Formato FASTA das sequências nucleotídicas correspondentes a todas as features de RNA
report	Set<Path?>	Arquivo de texto delimitado por tabulação com nomes, funções e relações das unidades de montagem
stats	Set<Path?>	Arquivo de texto delimitado por tabulação com estatísticas de montagem
accessions	Set<Path?>	Arquivos de lista de acesso gerados
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log específicos do programa (opcionais)
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do NCBI Genome Download

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--species	string		Nome da espécie para baixar as montagens
--accession	string		Um número de acesso do NCBI Assembly a ser baixado
--accessions	string		Um arquivo de números de acesso do NCBI Assembly (um por linha) a serem baixados
--format	string	fasta	Lista de formatos a baixar, separados por vírgula
--section	string	refseq	Seção do NCBI para download
--assembly_level	string	complete	Lista de níveis de montagem a baixar, separados por vírgula
--kingdom	string	bacteria	Lista de reinos para download, separados por vírgula
--limit	string		Limitar o número de montagens a serem baixadas
--keep_downloads	boolean	false	Salvar os arquivos baixados na pasta bactopia-runs

Usado Por

Subworkflows

• ncbigenomedownload - Baixar genomas bacterianos do banco de dados RefSeq do NCBI.

Workflows

• fastani - Cálculo rápido sem alinhamento da Identidade Nucleotídica Média (ANI) de genomas completos.
• mashtree - Construção rápida de árvores filogenéticas usando distâncias Mash.
• pangenome - Análise de pan-genoma com filogenia opcional do genoma core.
• snippy - Chamada rápida de variantes haplóides e alinhamento do genoma core.

Citações

Se você utilizar esta ferramenta em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• ncbi-genome-download
  Blin K ncbi-genome-download: Scripts to download genomes from the NCBI FTP servers (GitHub)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

NCBIGENOMEDOWNLOAD:
    - ncbi-genome-download: 0.3.3