mykrobe_predict

Tags: amr resistance susceptibility k-mer fastq bam mykrobe sample-scope

Prever Resistência Antimicrobiana (AMR) para espécies bacterianas suportadas.

Utiliza o Mykrobe para prever rapidamente resistência e suscetibilidade com base em reads curtos (FASTQ) ou reads alinhados (BAM). Ele mapeia k-mers das sequências de entrada contra um banco de dados curado de marcadores de resistência para espécies como M. tuberculosis e S. aureus.

Utiliza campos de registro posicional explícitos para reads:

• Entrada: record(meta, r1, r2, se, lr) onde cada slot de read é Path?

Entradas

record (
    meta: Record,
    r1: Path?,
    r2: Path?,
    se: Path?,
    lr: Path?
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
r1	Path?	Reads R1 Illumina (paired-end)
r2	Path?	Reads R2 Illumina (paired-end)
se	Path?	Reads Illumina single-end
lr	Path?	Reads longos (ONT/PacBio)

species: String

Nome	Tipo	Descrição
species	String	A espécie alvo para a qual realizar a predição de AMR (ex.: "tb" ou "staph")

Saídas

record (
    meta: Record,
    csv: Path,
    json: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
csv	Path	Predições de AMR em formato CSV legível por máquina
json	Path	Resultados detalhados de predição de AMR em formato JSON
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log específicos do programa (opcionais)
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo formatado em YAML com versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do Mykrobe

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--mykrobe_species	string		Painel de espécies a utilizar (opções: sonnei, staph, tb, typhi)
--mykrobe_kmer	integer	21	Comprimento do k-mer
--mykrobe_min_depth	integer	1	Profundidade mínima
--mykrobe_model	string	kmer_count	Modelo de genótipo utilizado (opções: kmer_count, median_depth)
--mykrobe_report_all_calls	boolean	false	Reportar todas as chamadas
--mykrobe_opts	string		Opções extras do Mykrobe entre aspas

Usado Por

Subworkflows

• genotyphi - Atribuir genótipos a genomas de Salmonella Typhi.
• mykrobe - Prever resistência a antibióticos a partir de reads de sequenciamento.

Workflows

• genotyphi - Genotipagem de Salmonella Typhi com atribuição de linhagem.
• mykrobe - Detecção de resistência antimicrobiana para espécies bacterianas específicas.

Citações

Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• Mykrobe
  Hunt M, Bradley P, Lapierre SG, Heys S, Thomsit M, Hall MB, Malone KM, Wintringer P, Walker TM, Cirillo DM, Comas I, Farhat MR, Fowler P, Gardy J, Ismail N, Kohl TA, Mathys V, Merker M, Niemann S, Omar SV, Sintchenko V, Smith G, Supply P, Tahseen S, Wilcox M, Arandjelovic I, Peto TEA, Crook, DW, Iqbal Z Antibiotic resistance prediction for Mycobacterium tuberculosis from genome sequence data with Mykrobe Wellcome Open Research 4, 191. (2019)

• McCortex
  Turner I, Garimella KV, Iqbal Z, McVean G Integrating long-range connectivity information into de Bruijn graphs. Bioinformatics 34, 2556-2565 (2018)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

MYKROBE_PREDICT:
    - mykrobe: 0.13.0