mobsuite_recon

Tags: bacteria plasmid reconstruction mobtyper replicon contigs assembly sample-scope

Reconstruir e tipar plasmídeos a partir de uma montagem de genoma bacteriano.

Utiliza o MobSuite's mob_recon para reconstruir plasmídeos agrupando contigs relevantes. Em seguida, usa o componente Mob-typer para classificar os plasmídeos com base no tipo de replicon, grupo de incompatibilidade (tipo Inc) e mobilidade prevista.

Entradas

record (
    meta: Record,
    fna: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
fna	Path	Contigs montados no formato FASTA

Saídas

record (
    meta: Record,
    chromosome: Path,
    contig_report: Path,
    txt: Path?,
    plasmids: Set<Path?>,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
chromosome	Path	Sequências cromossômicas separadas dos contigs de plasmídeo (FASTA comprimido)
contig_report	Path	Relatório delimitado por tabulação atribuindo cada contig ao cromossomo ou plasmídeo
txt	Path?	Resultados do MOB-typer com tipo de replicon, mobilidade e grupo de incompatibilidade
plasmids	Set<Path?>	Sequências de plasmídeos reconstruídas em formato FASTA comprimido
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log específicos do programa (opcionais)
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do MOB-suite Recon

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--mobsuite_max_contig_size	inteiro	310000	Tamanho máximo de um contig para ser considerado um plasmídeo
--mobsuite_min_contig_size	inteiro	1000	Comprimento mínimo dos contigs para classificação
--mobsuite_max_plasmid_size	inteiro	350000	Tamanho máximo de um plasmídeo reconstruído
--mobsuite_opts	string		Opções extras do MOB-suite entre aspas. Exemplo: '--min_mob_evalue 0.001'

Usado Por

Subworkflows

• mobsuite - Reconstruir e tipar plasmídeos a partir de montagens de genomas bacterianos.

Workflows

• mobsuite - Reconstrução e anotação de plasmídeos a partir de montagens de genomas bacterianos.

Citações

Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• MOB-suite
  Robertson J, Nash JHE MOB-suite: software tools for clustering, reconstruction and typing of plasmids from draft assemblies. Microbial Genomics 4(8). (2018)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

MOBSUITE_RECON:
    - mob_suite: 3.1.9