mlst

Tags: bacteria typing mlst sequence-type pubmlst alleles sample-scope

Tipagem Automática de Sequência Multi-Locus (MLST) de montagens genômicas.

Utiliza o mlst para escanear montagens genômicas contra esquemas tradicionais do PubMLST. Ele detecta automaticamente o esquema de espécie mais provável, identifica os alelos dos 7 genes de manutenção e atribui um Tipo de Sequência (ST).

Banco de Dados Necessário

Requer que o banco de dados MLST (derivado do PubMLST) esteja disponível.

Entradas

record (
    meta: Record,
    fna: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
fna	Path	Contigs montados no formato FASTA

db: Path

Nome	Tipo	Descrição
db	Path	Diretório ou tarball comprimido contendo os esquemas do banco de dados MLST

Saídas

record (
    meta: Record,
    tsv: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
tsv	Path	Resumo delimitado por tabulação contendo a Amostra, Esquema, ST e IDs dos Alelos
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do MLST

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--mlst_scheme	string		Não detectar automaticamente, forçar este esquema em todas as entradas
--mlst_minid	integer	95	Percentual mínimo de identidade de DNA do alelo completo para considerar 'similar'
--mlst_mincov	integer	10	Percentual mínimo de cobertura de DNA para reportar alelo parcial
--mlst_minscore	integer	50	Pontuação mínima de 100 para corresponder a um esquema
--mlst_nopath	boolean	false	Remover os caminhos de arquivo da coluna FILE
--mlst_db	string		Um banco de dados MLST personalizado a ser usado, como tarball ou diretório

Usado Por

Subworkflows

• mlst - Determina tipos de sequência multilocus (MLST) a partir de montagens bacterianas.

Workflows

• bactopia - Pipeline abrangente de análise bacteriana para caracterização genômica completa.
• mlst - Chamada automática de Tipo de Sequência Multi-Locus (MLST) a partir de contigs montados.
• staphopia - Pipeline de análise abrangente para isolados de Staphylococcus aureus.

Citações

Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• mlst
  Seemann T mlst: scan contig files against PubMLST typing schemes (GitHub)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

MLST:
    - mlst: 2.33.1