midas_species

Tags: metagenomics abundance species midas marker-genes diversity sample-scope

Estimar a abundância de espécies bacterianas a partir de reads metagenômicos.

Utiliza o MIDAS (Metagenomic Intra-Species Diversity Analysis System) para estimar a abundância de espécies bacterianas em dados metagenômicos. Ele mapeia reads para um banco de dados de genes marcadores universais de cópia única (15 genes) para fornecer estimativas precisas de cobertura e abundância relativa.

Utiliza campos de registro posicionais explícitos para reads:

• Entrada: record(meta, r1, r2, se) onde cada slot de read é Path?

Banco de Dados Necessário

Requer um banco de dados MIDAS compatível (contendo sequências de genes marcadores e taxonomia).

Entradas

record (
    meta: Record,
    r1: Path?,
    r2: Path?,
    se: Path?
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
r1	Path?	Reads R1 Illumina (paired-end)
r2	Path?	Reads R2 Illumina (paired-end)
se	Path?	Reads Illumina single-end

db: Path

Nome	Tipo	Descrição
db	Path	Diretório contendo o banco de dados MIDAS

Saídas

record (
    meta: Record,
    tsv: Path,
    abundances: Path,
    adjusted_abundances: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
tsv	Path	Resumo delimitado por tabulação da abundância e cobertura de espécies
abundances	Path	Perfil detalhado de abundância de espécies (*.abundances.txt)
adjusted_abundances	Path	Estimativas de abundância relativa ajustadas pelo tamanho do genoma (*.adjusted.abundances.txt)
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo formatado em YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros de Espécies do MIDAS

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--midas_word_size	inteiro	28	Tamanho da palavra para busca BLAST
--midas_aln_cov	número	0.75	Descartar reads com cobertura de alinhamento < ALN_COV
--midas_opts	string		Opções extras do MIDAS
--midas_debug	booleano	false	Manter todos os arquivos temporários criados pelo MIDAS

Utilizado Por

Subworkflows

• midas - Perfil em nível de espécie a partir de dados metagenômicos.

Workflows

• midas - Estimar abundâncias de espécies a partir de amostras metagenômicas.

Citações

Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• MIDAS
  Nayfach S, Rodriguez-Mueller B, Garud N, and Pollard KS An integrated metagenomics pipeline for strain profiling reveals novel patterns of bacterial transmission and biogeography. Genome Research, 26(11), 1612-1625. (2016)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

MIDAS_SPECIES:
    - midas: 1.3.2