midas_download

Tags: midas download database metagenomics species run-scope

Baixar o banco de dados de referência do MIDAS.

Obtém o banco de dados pré-compilado necessário pelo MIDAS para perfilamento de espécies metagenômicas. O banco de dados contém genomas de referência da coleção UHGG usados para identificação de espécies e estimativa de abundância.

Internet e Armazenamento Necessários

Este processo requer uma conexão ativa com a internet e espaço em disco significativo para armazenar os arquivos do banco de dados (~3,3 GB comprimido, ~7 GB descomprimido).

Saídas

record (
    db: Path?,
    db_tarball: Path?,
    logs: Set<Path?>
)

Campo	Tipo	Descrição
db	Path?	O diretório do banco de dados do MIDAS contendo dados de genomas de referência
db_tarball	Path?	Um tarball comprimido do banco de dados (se solicitado via parâmetros)
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa

Parâmetros

Parâmetros de Download do Banco de Dados MIDAS

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--midas_db	string		Um único tarball ou caminho para um banco de dados formatado para o MIDAS
--midas_save_as_tarball	boolean	false	Salvar o banco de dados do MIDAS como um tarball
--download_midas	boolean	false	Baixar o banco de dados do MIDAS para o caminho fornecido por --midas_db

Usado Por

Subworkflows

• midas - Perfilamento em nível de espécie a partir de dados metagenômicos.

Workflows

• midas - Estimar abundâncias de espécies a partir de amostras metagenômicas.

Citações

Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• MIDAS
  Nayfach S, Rodriguez-Mueller B, Garud N, and Pollard KS An integrated metagenomics pipeline for strain profiling reveals novel patterns of bacterial transmission and biogeography. Genome Research, 26(11), 1612-1625. (2016)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

MIDAS_DOWNLOAD:
    - gnu-wget: 1.18