meningotype

Tags: bacteria neisseria-meningitidis serotype serogroup finetyping pora feta capsule sample-scope

Sorotipagem e tipagem fina de Neisseria meningitidis.

Utiliza o Meningotype para prever o sorogrupo (cápsula), as regiões variáveis de PorA e as regiões variáveis de FetA em montagens de N. meningitidis. Isso fornece um perfil abrangente de tipagem molecular (por exemplo, B:P1.7-2,4:F1-5) utilizado em vigilância epidemiológica.

Entradas

record (
    meta: Record,
    fna: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
fna	Path	Contigs montados no formato FASTA

Saídas

record (
    meta: Record,
    tsv: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
tsv	Path	Resultados do meningotype em formato delimitado por tabulação com predições de sorogrupo, PorA e FetA
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (por exemplo, .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo formatado em YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do meningotype

Você pode usar estes parâmetros para ajustar sua análise com o meningotype

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--meningotype_finetype	boolean	false	realizar tipagem fina de porA e fetA
--meningotype_porB	boolean	false	realizar tipagem de sequência porB (NEIS2020)
--meningotype_bast	boolean	false	realizar tipagem de sequência de antígeno Bexsero (BAST)
--meningotype_mlst	boolean	false	realizar MLST
--meningotype_all	boolean	false	realizar tipagem MLST, porA, fetA, porB e BAST

Usado Por

Subworkflows

• meningotype - Predizer sorotipos de Neisseria meningitidis a partir de montagens de genoma.

Workflows

• meningotype - Tipagem abrangente de Neisseria meningitidis.

Citações

Se você usar isto em sua análise, por favor cite o seguinte.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• meningotype
  Kwong JC, Gonçalves da Silva A, Stinear TP, Howden BP, & Seemann T meningotype: in silico typing for Neisseria meningitidis. (GitHub)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

MENINGOTYPE:
    - meningotype: 0.8.6b