mcroni

Tags: bacteria amr resistance colistin mcr-1 plasmid variation sample-scope

Detecta variações de sequência no gene de resistência à colistina mcr-1.

Utiliza o Mcroni para rastrear montagens de genomas em busca do gene mcr-1 (Resistência à Colistina Mobilizada). Ele extrai a sequência do gene e reporta quaisquer variações (mutações) em relação à referência, o que é fundamental para monitorar a resistência à colistina, um antibiótico de último recurso.

Entradas

record (
    meta: Record,
    fna: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
fna	Path	Contigs montados no formato FASTA

Saídas

record (
    meta: Record,
    tsv: Path,
    fa: Path?,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
tsv	Path	Resultados de variação do gene mcr-1 separados por tabulação
fa	Path?	Sequência do gene mcr-1 extraída no formato FASTA
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Usado Por

Subworkflows

• mcroni - Scripts para encontrar e processar variantes de promotor upstream de mcr-1.

Workflows

• mcroni - Análise de variação de sequência de genes mcr-1 (resistência à colistina mobilizada).

Citações

Se você utilizar este módulo em sua análise, por favor cite o seguinte.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• mcroni
  Shaw L mcroni: Scripts for finding and processing promoter variants upstream of mcr-1 (GitHub)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

MCRONI:
    - mcroni: 1.0.4