mashtree

Tags: phylogeny tree mash minhash alignment-free distance clustering neighbor-joining run-scope

Construção rápida de árvores filogenômicas sem alinhamento.

Utiliza o Mashtree para criar uma árvore filogenética a partir de sequências genômicas (FASTA, FASTQ ou GenBank) usando distâncias MinHash. O módulo calcula distâncias pareadas entre todas as entradas e usa o algoritmo Neighbor-Joining para agrupar os genomas, criando efetivamente uma árvore "baseada em distâncias" sem alinhamento completo.

Entradas

record (
    meta: Record,
    fna: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
fna	Set<Path>	Contigs montados no formato FASTA

Saídas

record (
    meta: Record,
    nwk: Path,
    tsv: Path,
    sketches: Set<Path?>,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
nwk	Path	A árvore filogenética final no formato Newick (*.dnd)
tsv	Path	A matriz de distâncias pareadas usada para construir a árvore (*.tsv)
sketches	Set<Path?>	Diretório contendo os sketches Mash individuais
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do Mashtree

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--mashtree_trunclength	inteiro	250	Quantidade de caracteres a manter em um nome de arquivo
--mashtree_sortorder	string	ABC	Para o Neighbor-Joining, a ordem de classificação pode fazer diferença. (opções: ABC, random, input-order)
--mashtree_genomesize	inteiro	5000000	Tamanho do genoma das amostras de entrada
--mashtree_mindepth	inteiro	5	Se mindepth for zero, o valor será escolhido de forma inteligente, porém mais lenta, para descartar kmers de baixa abundância.
--mashtree_kmerlength	inteiro	21	Os hashes serão baseados em strings com esse número de nucleotídeos
--mashtree_sketchsize	inteiro	10000	Cada sketch terá no máximo esse número de min-hashes não redundantes
--mashtree_save_sketches	booleano	false	Salvar os sketches criados durante o processo

Utilizado Por

Subworkflows

• mashtree - Cria árvores filogenéticas usando distâncias Mash.

Workflows

• mashtree - Construção rápida de árvores filogenéticas usando distâncias Mash.

Citações

Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite o seguinte.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• Mashtree
  Katz LS, Griswold T, Morrison S, Caravas J, Zhang S, den Bakker HC, Deng X, Carleton HA Mashtree: a rapid comparison of whole genome sequence files. Journal of Open Source Software, 4(44), 1762 (2019)

Fonte

Ver código-fonte no GitHub

Versão

MASHTREE:
    - mashtree: 1.4.6