lissero

Tags: bacteria listeria monocytogenes serotype serogroup typing pcr sample-scope

Prever sorogrupo de Listeria monocytogenes.

Utiliza o LisSero para prever o sorogrupo de isolados de L. monocytogenes. Ele simula um ensaio de PCR detectando genes marcadores específicos (lmo1118, lmo0737, ORF2110, ORF2819, prs) para atribuir o isolado a um dos principais sorogrupos moleculares (IIa, IIb, IIc, IVb).

Entradas

record (
    meta: Record,
    fna: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Record Groovy contendo informações da amostra
fna	Path	Contigs montados em formato FASTA

Saídas

record (
    meta: Record,
    tsv: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Record com informações da amostra
tsv	Path	Resultados do LisSero em formato delimitado por tabulação com sorogrupo previsto e detecção de genes marcadores
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do LisSero

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--lissero_min_id	number	95.0	Percentual mínimo de identidade para aceitar uma correspondência
--lissero_min_cov	number	95.0	Cobertura mínima do gene para aceitar uma correspondência

Utilizado Por

Subworkflows

• lissero - Predição de sorotipo in silico para Listeria monocytogenes.

Workflows

• lissero - Predição de tipagem por sorogrupo para Listeria monocytogenes.

Citações

Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• LisSero
  Kwong J, Zhang J, Seeman T, Horan, K, Gonçalves da Silva A LisSero - In silico serotype prediction for Listeria monocytogenes (GitHub)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

LISSERO:
    - lissero: 0.4.10