legsta

Tags: bacteria legionella pneumophila typing sbt mlst serogroup sample-scope

Tipagem baseada em sequência (SBT) in silico de Legionella pneumophila.

Utiliza o Legsta para determinar o Tipo de Sequência (SBT) de isolados de L. pneumophila. O programa alinha a montagem contra o esquema padrão de 7 genes (flaA, pilE, asd, mip, mompS, proA, neuA) para atribuir números de alelos e o Tipo de Sequência resultante.

Entradas

record (
    meta: Record,
    fna: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
fna	Path	Contigs montados em formato FASTA

Saídas

record (
    meta: Record,
    tsv: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
tsv	Path	Resultados de SBT de Legionella pneumophila delimitados por tabulação, com números de alelos e tipo de sequência
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo formatado em YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do legsta

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--legsta_noheader	boolean	false	Não imprime a linha de cabeçalho

Utilizado por

Subworkflows

• legsta - Tipagem baseada em sequência (SBT) in silico de Legionella pneumophila.

Workflows

• legsta - Tipagem baseada em sequência (SBT) de Legionella pneumophila.

Citações

Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• legsta
  Seemann T legsta: In silico Legionella pneumophila Sequence Based Typing (GitHub)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

LEGSTA:
    - legsta: 0.5.2