kraken2

Tags: metagenomics taxonomy classification contamination scrubbing k-mer lca sample-scope

Classificação taxonômica e filtragem de hospedeiro de reads de sequência.

Utiliza o Kraken2 para atribuir rótulos taxonômicos a reads de DNA curtas, examinando correspondências exatas de k-mers contra um grande banco de dados de referência. O algoritmo de Menor Ancestral Comum (LCA) é usado para fornecer classificação de alta precisão, tornando-o ideal para metagenômica ou remoção de contaminação do hospedeiro (scrubbing).

Utiliza campos de registro posicionais explícitos para reads:

• Entrada: record(meta, r1, r2, se, lr) onde cada slot de read é Path?

Banco de Dados Necessário

Requer um banco de dados Kraken2 padrão (diretório ou tarball). O uso de memória depende do tamanho do banco de dados (Padrão ~50GB).

Entradas

record (
    meta: Record,
    r1: Path?,
    r2: Path?,
    se: Path?,
    lr: Path?
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Groovy Record contendo informações da amostra
r1	Path?	Reads R1 Illumina (paired-end)
r2	Path?	Reads R2 Illumina (paired-end)
se	Path?	Reads Illumina single-end
lr	Path?	Long reads (ONT/PacBio) - normalmente não utilizados pelo Kraken2

db: Path

Nome	Tipo	Descrição
db	Path	Banco de dados Kraken2 (Diretório ou tarball comprimido)

Saídas

record (
    meta: Record,
    special_meta: Record,
    kraken2_report: Path,
    scrub_report: Path?,
    classified: Set<Path?>,
    unclassified: Set<Path?>,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro de informações da amostra
special_meta	Record	Um registro de metadados simplificado para uso interno
kraken2_report	Path	Relatório padrão do Kraken2 contendo contagens de abundância taxonômica
scrub_report	Path?	Relatório resumido dos reads removidos durante o scrubbing do hospedeiro
classified	Set<Path?>	Reads atribuídas a um táxon no banco de dados (FASTQ)
unclassified	Set<Path?>	Reads NÃO atribuídas a nenhum táxon (FASTQ)
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo formatado em YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do Kraken2

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--kraken2_db	string		Um único tarball ou caminho para um banco de dados formatado para Kraken2
--kraken2_quick_mode	boolean	false	Operação rápida (usa o primeiro hit ou hits)
--kraken2_confidence	number	0.0	Limiar de pontuação de confiança entre 0 e 1
--kraken2_minimum_base_quality	integer	0	Qualidade mínima de base usada na classificação
--kraken2_use_mpa_style	boolean	false	Formata a saída do relatório como o kraken-mpa-report do Kraken 1
--kraken2_report_zero_counts	boolean	false	Reporta contagens para TODOS os táxons, mesmo que sejam zero
--kraken2_report_minimizer_data	boolean	false	Inclui informações de minimizador e contagem de minimizadores distintos no relatório
--kraken2_use_names	boolean	false	Imprime nomes científicos em vez de apenas taxids
--kraken2_memory_mapping	boolean	false	Evita carregar o banco de dados na RAM
--kraken2_minimum_hit_groups	integer	2	Número mínimo de grupos de hits necessários para realizar uma classificação
--kraken2_keep_filtered_reads	boolean	false	Mantém os FASTQs classificados e não classificados produzidos pelo Kraken2

Usado Por

Subworkflows

• kraken2 - Classifica reads metagenômicas usando Kraken2.

Workflows

• kraken2 - Classificação taxonômica de reads de sequência metagenômica.

Citações

Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• Kraken2
  Wood DE, Lu J, Langmead B Improved metagenomic analysis with Kraken 2. Genome Biology, 20(1), 257. (2019)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

KRAKEN2:
    - bactopia-teton: 1.1.4