kleborate

Tags: bacteria klebsiella amr virulence typing mlst serotype k-locus o-locus sample-scope

Genotipagem e triagem de montagens de genoma de Klebsiella.

Utiliza o Kleborate para triagem de montagens de Klebsiella em busca de Tipo de Sequência Multi-Locus (MLST), identidade de espécie, determinantes de resistência antimicrobiana, plasmídeos de virulência (ex.: ybt, iuc, iro) e predição de sorotipo capsular (loci K e O).

Banco de Dados Incluído

O Kleborate inclui os bancos de dados necessários para identificação de espécies, MLST e detecção de genes de virulência/resistência.

Entradas

record (
    meta: Record,
    fna: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
fna	Path	Contigs montados em formato FASTA

Saídas

record (
    meta: Record,
    tsv: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
tsv	Path	Resultados do Kleborate delimitados por tabulação com predições de espécie, MLST, virulência e resistência
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do Kleborate

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--kleborate_preset	string	kpsc	Módulo predefinido a ser usado no Kleborate (opções: kpsc, kosc, escherichia)
--kleborate_opts	string		Opções extras entre aspas para o Kleborate

Usado Por

Subworkflows

• kleborate - Ferramenta de genotipagem para Klebsiella pneumoniae e seu complexo de espécies relacionadas.

Workflows

• kleborate - Triagem abrangente de genomas de Klebsiella para determinantes de virulência e resistência.

Citações

Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• Kleborate
  Lam MMC, Wick RR, Watts, SC, Cerdeira LT, Wyres KL, Holt KE A genomic surveillance framework and genotyping tool for Klebsiella pneumoniae and its related species complex. Nat Commun 12, 4188 (2021)

• Kaptive
  Wyres KL, Wick RR, Gorrie C, Jenney A, Follador R, Thomson NR, Holt KE Identification of Klebsiella capsule synthesis loci from whole genome data. Microbial genomics 2(12) (2016)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

KLEBORATE:
    - kleborate: 3.2.4