ismapper

Tags: bacteria mobile-elements insertion-sequences mapping structural-variation ismapper sample-scope

Identificar sítios de inserção e orientação de elementos genéticos móveis.

Utiliza o ISMapper para identificar a posição e orientação de sequências de inserção (IS) específicas em um genoma bacteriano. O processo funciona mapeando reads paired-end para uma biblioteca de consultas de IS e um genoma de referência, determinando onde os elementos IS estão localizados em relação às coordenadas da referência.

Utiliza campos de registro posicionais explícitos para os reads:

• Entrada: record(meta, r1, r2) onde cada slot de read é um Path

Entradas

record (
    meta: Record,
    r1: Path,
    r2: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Groovy Record contendo informações da amostra
r1	Path	Reads Illumina R1 (paired-end)
r2	Path	Reads Illumina R2 (paired-end)

reference: Path
query: Path

Nome	Tipo	Descrição
reference	Path	Genoma de referência no formato GenBank (*.gbk) para mapeamento dos sítios de inserção
query	Path	Arquivo FASTA contendo as sequências de inserção a serem pesquisadas

Saídas

record (
    meta: Record,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro de informações da amostra
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do ISMapper

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--reference	string		Genoma de referência para tipagem no formato GenBank
--insertions	string		Arquivo multifasta com a(s) sequência(s) de inserção a serem mapeadas
--ismapper_min_clip	integer	10	Tamanho mínimo para a região softclipped ser extraída do mapeamento inicial
--ismapper_max_clip	integer	30	Tamanho máximo para regiões softclipped serem incluídas
--ismapper_cutoff	integer	6	Profundidade mínima para a região mapeada ser mantida no arquivo bed
--ismapper_novel_gap_size	integer	15	Distância em pares de bases entre os flancos esquerdo e direito para ser considerado um hit novo
--ismapper_min_range	number	0.9	Percentual mínimo do tamanho do gap para ser considerado um hit conhecido
--ismapper_max_range	number	1.1	Percentual máximo do tamanho do gap para ser considerado um hit conhecido
--ismapper_merging	integer	100	Valor para a fusão de hits esquerdo e direito em arquivos bed para simplificar o cálculo das regiões mais próximas e de interseção
--ismapper_all	boolean	false	Ativa o relatório de todos os alinhamentos para o bwa
--ismapper_minqual	integer	30	Pontuação de qualidade de mapeamento para o bwa

Utilizado Por

Subworkflows

• ismapper - Identificar sítios de inserção de transposase em genomas bacterianos.

Workflows

• ismapper - Identificar posições de sequências de inserção em genomas bacterianos.

Citações

Se você utilizar esta ferramenta em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• ISMapper
  Hawkey J, Hamidian M, Wick RR, Edwards DJ, Billman-Jacobe H, Hall RM, Holt KE ISMapper: identifying transposase insertion sites in bacterial genomes from short read sequence data. BMC Genomics 16, 667 (2015)

Fonte

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Versão

ISMAPPER:
    - ismapper: 2.0.2