iqtree

Tags: phylogeny tree maximum-likelihood bootstrap model-selection iqtree run-scope

Inferência filogenômica eficiente usando Máxima Verossimilhança.

Usa o IQ-TREE para construir uma árvore filogenética de máxima verossimilhança a partir de um alinhamento múltiplo de sequências. O módulo determina automaticamente o melhor modelo de substituição (via ModelFinder) e avalia o suporte dos ramos usando a aproximação Ultrafast Bootstrap.

Entradas

record (
    meta: Record,
    aln: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
aln	Path	Alinhamento múltiplo de sequências no formato FASTA, PHYLIP ou NEXUS

Saídas

record (
    meta: Record,
    aln: Path,
    nwk: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
aln	Path	O alinhamento de entrada (repassado)
nwk	Path	A árvore filogenética final de máxima verossimilhança (formato Newick)
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log específicos do programa (opcionais)
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do IQ-TREE

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--iqtree_model	string	HKY	Nome do modelo de substituição
--iqtree_bb	integer	1000	Réplicas do Ultrafast Bootstrap
--iqtree_alrt	integer	1000	Réplicas do teste de razão de verossimilhança aproximada tipo SH
--iqtree_asr	boolean	false	Reconstrução de estado ancestral por Bayes empírico
--iqtree_opts	string		Opções extras do IQ-TREE entre aspas.
--skip_phylogeny	boolean	false	Ignora a execução do IQ-TREE nos subworkflows

Usado Por

Subworkflows

• iqtree - Constrói árvores filogenéticas de máxima verossimilhança a partir de alinhamentos.

Workflows

• pangenome - Análise de pan-genoma com filogenia do genoma core opcional.
• snippy - Chamada rápida de variantes de haplótipos e alinhamento do genoma core.

Citações

Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• IQ-TREE
  Nguyen L-T, Schmidt HA, von Haeseler A, Minh BQ IQ-TREE: A fast and effective stochastic algorithm for estimating maximum likelihood phylogenies. Mol. Biol. Evol. 32:268-274 (2015)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

IQTREE:
    - iqtree: 3.1.1