hpsuissero

Tags: bacteria haemophilus-parasuis glaesserella-parasuis serotype typing capsule sample-scope

Prever o sorotipo de Haemophilus parasuis.

Utiliza o HPSuisSero para prever o sorotipo de montagens de Haemophilus parasuis (sin. Glaesserella parasuis). Ele detecta marcadores específicos de loci de cápsula para atribuir um dos sorovares conhecidos.

Entradas

record (
    meta: Record,
    fna: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
fna	Path	Contigs montados no formato FASTA

Saídas

record (
    meta: Record,
    tsv: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
tsv	Path	Resultados da predição de sorotipo de Haemophilus parasuis em formato delimitado por tabulação
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Utilizado Por

Subworkflows

• hpsuissero - Sorotipagem rápida de Haemophilus parasuis.

Workflows

• hpsuissero - Predição de sorotipo de montagens de Haemophilus parasuis.

Citações

Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• HpsuisSero
  Lui J HpsuisSero: Rapid Haemophilus parasuis serotyping (GitHub)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

HPSUISSERO:
    - hpsuissero: 1.0.1