hicap

Tags: bacteria haemophilus-influenzae serotype capsule typing nthi sample-scope

Prever sorotipo de cápsula de Haemophilus influenzae.

Utiliza o hicap para identificar o locus capsular em montagens de genomas de H. influenzae. Ele prevê o sorotipo (a, b, c, d, e, f ou Não-Tipável/NTHi) e pode opcionalmente gerar visualizações da estrutura do locus.

Entradas

record (
    meta: Record,
    fna: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
fna	Path	Contigs montados em formato FASTA

database_dir: Path?
model_fp: Path?

Nome	Tipo	Descrição
database_dir	Path?	Caminho para um diretório de banco de dados de referência personalizado do hicap
model_fp	Path?	Caminho para um arquivo de modelo de treinamento personalizado do Prodigal

Saídas

record (
    meta: Record,
    gbff: Path?,
    svg: Path?,
    tsv: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro de informações da amostra
gbff	Path?	Arquivo GenBank contendo a região do locus capsular anotada
svg	Path?	Visualização SVG do arranjo de genes do locus capsular
tsv	Path	Resumo delimitado por tabulação do sorotipo previsto e cobertura do locus
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo formatado em YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do hicap

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--hicap_database_dir	string		Diretório contendo o banco de dados do locus
--hicap_model_fp	string		Caminho para o modelo do Prodigal
--hicap_full_sequence	boolean	false	Escreve a sequência de entrada completa no arquivo GenBank em vez de apenas a região ao redor do locus e incluindo-o
--hicap_debug	boolean	false	O hicap imprimirá mensagens de depuração
--hicap_gene_coverage	number	0.8	Percentual mínimo de cobertura para considerar um único gene completo
--hicap_gene_identity	number	0.7	Percentual mínimo de identidade para considerar um único gene completo
--hicap_broken_gene_length	integer	60	Comprimento mínimo para considerar um gene quebrado
--hicap_broken_gene_identity	number	0.8	Percentual mínimo de identidade para considerar um gene quebrado

Usado Por

Subworkflows

• hicap - Sorotipagem in silico do locus capsular de Haemophilus influenzae.

Workflows

• hicap - Identificar sorotipo e estrutura do locus cap em montagens de Haemophilus influenzae.

Citações

Se você usar isso em sua análise, cite o seguinte.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• hicap
  Watts SC, Holt KE hicap: in silico serotyping of the Haemophilus influenzae capsule locus. Journal of Clinical Microbiology JCM.00190-19 (2019)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

HICAP:
    - hicap: 1.0.4