gubbins

Tags: bacteria recombination phylogeny alignment msa evolution snp run-scope

Detectar recombinação e construir uma filogenia livre de recombinação.

Utiliza o Gubbins (Genealogies Unbiased By recomBinations In Nucleotide Sequences) para identificar e mascarar iterativamente regiões recombinantes em um alinhamento de múltiplas sequências. Ele gera uma árvore filogenética baseada apenas em mutações pontuais herdadas verticalmente.

Entradas

record (
    meta: Record,
    aln: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
aln	Path	Alinhamento de múltiplas sequências no formato FASTA

Saídas

record (
    meta: Record,
    masked_aln: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
masked_aln	Path	O alinhamento de entrada com regiões recombinantes mascaradas (*.masked.aln.gz)
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo formatado em YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do Gubbins

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--gubbins_iterations	inteiro	5	Número máximo de iterações
--gubbins_min_snps	inteiro	3	Mínimo de SNPs para identificar um bloco de recombinação
--gubbins_min_window_size	inteiro	100	Tamanho mínimo da janela
--gubbins_max_window_size	inteiro	10000	Tamanho máximo da janela
--gubbins_filter_percentage	número	25.0	Filtrar taxa com mais do que essa porcentagem de lacunas
--gubbins_remove_identical_sequences	booleano	false	Remover sequências idênticas
--gubbins_opts	string		Opções extras do Gubbins entre aspas
--skip_recombination	booleano	false	Pular a execução do Gubbins em subworkflows

Usado Por

Subworkflows

• gubbins - Detectar e filtrar regiões de recombinação em alinhamentos bacterianos.

Workflows

• snippy - Chamada rápida de variantes por haplótipo e alinhamento do genoma core.

Citações

Se você usar isto em sua análise, por favor cite o seguinte.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• Gubbins
  Croucher NJ, Page AJ, Connor TR, Delaney AJ, Keane JA, Bentley SD, Parkhill J, Harris SR Rapid phylogenetic analysis of large samples of recombinant bacterial whole genome sequences using Gubbins. Nucleic Acids Research 43(3), e15. (2015)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

GUBBINS:
    - gubbins: 3.4.3