gtdbtk_download
Tags: gtdb taxonomy database download setup bacteria archaea sample-scope
Baixe e configure o banco de dados de referência do GTDB-Tk.
Utiliza o script oficial download-db.sh para buscar os arquivos mais recentes do Genome Taxonomy Database (GTDB)
necessários pelo GTDB-Tk. O processo descomprime automaticamente
os dados e verifica a instalação usando gtdbtk check_install.
Este processo requer uma conexão ativa com a internet e espaço em disco significativo (~60GB+ descomprimido) para armazenar os arquivos do banco de dados.
Saídas
record (
db: Path?,
db_tarball: Path?,
logs: Set<Path?>
)
| Campo | Tipo | Descrição |
|---|---|---|
db | Path? | O diretório contendo os arquivos do banco de dados GTDB-Tk descomprimidos |
db_tarball | Path? | Um tarball comprimido do banco de dados (se solicitado via parâmetros) |
logs | Set<Path?> | Arquivos de log opcionais específicos do programa |
Parâmetros
Parâmetros de Configuração do Banco de Dados GTDB-Tk
| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição |
|---|---|---|---|
--gtdb | string | Tarball ou caminho de um banco de dados GTDB. Se um banco de dados não for encontrado, você deve usar '--download_gtdb' | |
--download_gtdb | boolean | false | Baixa o banco de dados GTDB mais recente, mesmo que já exista |
--gtdb_save_as_tarball | boolean | false | Baixa o banco de dados GTDB mais recente e o salva em um único tarball |
Usado Por
Subworkflows
- gtdb - Classificação taxonômica com o Genome Taxonomy Database.
Workflows
- gtdb - Identifica genes marcadores e atribui classificações taxonômicas usando GTDB.
Citações
Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
GTDB-Tk
Chaumeil PA, Mussig AJ, Hugenholtz P, Parks DH GTDB-Tk: a toolkit to classify genomes with the Genome Taxonomy Database. Bioinformatics (2019)
Fonte
Versão
GTDBTK_DOWNLOAD:
- gtdbtk: 2.7.1