gtdbtk_classifywf

Tags: taxonomy classification phylogeny gtdb bacteria archaea marker-genes sample-scope

Classificação taxonômica de genomas bacterianos e arqueais usando GTDB-Tk.

Utiliza o GTDB-Tk para atribuir classificações taxonômicas objetivas a montagens de genomas com base no Genome Taxonomy Database. A ferramenta identifica genes marcadores, os alinha e posiciona o genoma na árvore de referência para determinar a taxonomia.

Banco de Dados Necessário

Requer que o banco de dados GTDB-Tk (~60GB+) esteja disponível.

Entradas

record (
    meta: Record,
    fna: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
fna	Path	Contigs montados em formato FASTA

db: Path

Nome	Tipo	Descrição
db	Path	Caminho (ou conjunto de caminhos) para o banco de dados de referência do GTDB-Tk

Saídas

record (
    meta: Record,
    bac_tsv: Path?,
    ar_tsv: Path?,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
bac_tsv	Path?	Arquivo de resumo da classificação bacteriana contendo a atribuição taxonômica
ar_tsv	Path?	Arquivo de resumo da classificação arqueal contendo a atribuição taxonômica
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log específicos do programa (opcionais)
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros de Classificação do GTDB

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--gtdb_min_af	número	0.65	Fração mínima de alinhamento para considerar o genoma mais próximo
--gtdb_min_perc_aa	inteiro	10	Filtra genomas com porcentagem insuficiente de AA no MSA
--gtdb_tmp	string	/tmp	Especifica um diretório alternativo para arquivos temporários
--gtdb_use_scratch	booleano	false	Reduz o uso de memória do pplacer escrevendo no local definido por --gtdb_tmp (mais lento)
--gtdb_debug	booleano	false	Cria arquivos intermediários para fins de depuração
--gtdb_keep_msa	booleano	false	Mantém o arquivo MSA para todos os genomas enviados e de referência
--force_gtdb	booleano	false	Continua o processamento mesmo se ocorrer um erro em um único genoma

Usado Por

Subworkflows

• gtdb - Classificação taxonômica com o Genome Taxonomy Database.

Workflows

• gtdb - Identifica genes marcadores e atribui classificações taxonômicas usando GTDB.

Citações

Se você usar esta ferramenta em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• GTDB-Tk
  Chaumeil PA, Mussig AJ, Hugenholtz P, Parks DH GTDB-Tk: a toolkit to classify genomes with the Genome Taxonomy Database. Bioinformatics (2019)

• pplacer
  Matsen FA, Kodner RB, Armbrust EV pplacer: linear time maximum-likelihood and Bayesian phylogenetic placement of sequences onto a fixed reference tree. BMC Bioinformatics 11, 538 (2010)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

GTDBTK_CLASSIFYWF:
    - gtdbtk: 2.7.1