gigatyper

Tags: mlst typing multi-scheme sample-scope

Execute todos os esquemas MLST disponíveis para uma espécie em uma montagem

Utiliza o GigaTyper para executar todos os esquemas MLST disponíveis para uma espécie em uma montagem.

Entradas

record (
    meta: Record,
    fna: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
fna	Path	Contigs montados no formato FASTA

Saídas

record (
    meta: Record,
    tsv: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
tsv	Path	Resultados MLST de todos os esquemas
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do GigaTyper

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--gigatyper_species	string		Forçar uma espécie específica para seleção de esquema

Utilizado Por

Subworkflows

• gigatyper - Execute todos os esquemas MLST disponíveis para uma espécie em uma montagem

Workflows

• gigatyper - Execute todos os esquemas MLST disponíveis para uma espécie em uma montagem

Citações

Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• GigaTyper
  Petit III RA, Fearing T, Groves E GigaTyper: Why choose one scheme when you can flex them all? (GitHub)

Fonte

Ver código-fonte no GitHub

Versão

GIGATYPER:
    - gigatyper: 1.0.0