genotyphi_parse

Tags: bacteria salmonella typhi genotyping mykrobe parser sample-scope

Analisa resultados do Mykrobe para genotipar Salmonella Typhi.

Utiliza scripts do GenoTyphi para analisar a saída JSON do Mykrobe. Ele atribui isolados a genótipos específicos de S. Typhi (por exemplo, 4.3.1) com base na presença de SNPs específicos definidos no esquema GenoTyphi.

Entradas

record (
    meta: Record,
    json: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
json	Path	O arquivo de saída JSON gerado pelo Mykrobe

Saídas

record (
    meta: Record,
    tsv: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
tsv	Path	Relatório delimitado por tabulação contendo o genótipo GenoTyphi atribuído
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (por exemplo, .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo formatado em YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do GenoTyphi

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--genotyphi_kmer	inteiro	21	Comprimento do k-mer
--genotyphi_min_depth	inteiro	1	Profundidade mínima
--genotyphi_model	string	kmer_count	Modelo de genotipagem utilizado. (opções: kmer_count, median_depth)
--genotyphi_report_all_calls	booleano	false	Reportar todas as chamadas
--genotyphi_mykrobe_opts	string		Opções extras do Mykrobe entre aspas

Usado Por

Subworkflows

• genotyphi - Atribui genótipos a genomas de Salmonella Typhi.

Workflows

• genotyphi - Genotipagem de Salmonella Typhi com atribuição de linhagem.

Citações

Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• GenoTyphi
  Wong VK, Baker S, Connor TR, Pickard D, Page AJ, Dave J, Murphy N, Holliman R, Sefton A, Millar M, Dyson ZA, Dougan G, Holt KE, & International Typhoid Consortium. An extended genotyping framework for Salmonella enterica serovar Typhi, the cause of human typhoid Nature Communications 7, 12827. (2016)

• McCortex
  Turner I, Garimella KV, Iqbal Z, McVean G Integrating long-range connectivity information into de Bruijn graphs. Bioinformatics 34, 2556-2565 (2018)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

GENOTYPHI_PARSE:
    - mykrobe: 0.13.0