gamma

Tags: gene-finding annotation homology alignment gamma psl sample-scope

Identificação, classificação e anotação de correspondências de genes traduzidos.

Utiliza o GAMMA (Gene Allele Mutation Microbial Assessment) para identificar e anotar sequências codificantes em uma montagem que correspondam a um banco de dados de genes específico. É particularmente útil para detectar alvos específicos como genes de resistência antimicrobiana ou fatores de virulência, levando em conta possíveis mutações.

Entradas

record (
    meta: Record,
    fna: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
fna	Path	Contigs montados no formato FASTA

db: Path

Nome	Tipo	Descrição
db	Path	O banco de dados de genes de referência no formato FASTA

Saídas

record (
    meta: Record,
    gamma: Path,
    psl: Path,
    gff: Path?,
    fasta: Path?,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
gamma	Path	Arquivo de saída principal do GAMMA contendo correspondências de genes anotadas
psl	Path	Detalhes brutos do alinhamento no formato PSL
gff	Path?	Correspondências de genes no formato GFF3
fasta	Path?	Sequências nucleotídicas extraídas dos genes correspondentes
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do GAMMA

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--gamma_db	string		Um banco de dados de genes (FASTA) para o GAMMA
--gamma_percent_identity	integer	90	O percentual mínimo de identidade de sequência nucleotídica usado pela busca Blat
--gamma_all_matches	boolean	false	Inclui todas as correspondências de genes, mesmo sobreposições
--gamma_extended	boolean	false	Exibe todas as mutações de proteínas
--gamma_write_fasta	boolean	false	Escreve FASTA das correspondências de genes
--gamma_write_gff	boolean	false	Escreve as correspondências de genes como arquivo GFF

Usado Por

Subworkflows

• gamma - Gene Allele Mutation Microbial Assessment.

Workflows

• gamma - Identificação, classificação e anotação de correspondências de genes traduzidos.

Citações

Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• GAMMA
  Stanton RA, Vlachos N, Halpin AL GAMMA: a tool for the rapid identification, classification, and annotation of translated gene matches from sequencing data. Bioinformatics (2021)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

GAMMA:
    - gamma: 2.2