fastani

Tags: fastani ani average-nucleotide-identity taxonomy genomic-distance comparison run-scope

Calcula a Identidade Nucleotídica Média (ANI) de genomas completos.

Usa o FastANI para realizar o cálculo de ANI sem alinhamento entre os genomas de consulta de entrada e um genoma de referência. Este é o método padrão para definição de espécies (tipicamente >95% de ANI) e é muito mais rápido do que as abordagens tradicionais baseadas em BLAST.

Entradas

record (
    meta: Record,
    query: Set<Path>,
    reference: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
query	Set<Path>	Um ou mais contigs montados no formato FASTA (genomas de consulta)
reference	Path	A montagem do genoma de referência no formato FASTA para comparação

Saídas

record (
    meta: Record,
    tsv: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
tsv	Path	Resumo delimitado por tabulação dos scores de ANI, fragmentos correspondentes e fragmentos totais
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex: .command.{begin
versions	Set<Path>	Um arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do fastANI

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--fastani_reference	string		Caminho para o genoma de referência no formato FASTA
--fastani_kmer	integer	16	Tamanho do kmer (<= 16) para cálculo do ANI
--fastani_min_fraction	number	0.2	Fração mínima do genoma que deve ser compartilhada para considerar o ANI confiável.
--fastani_frag_len	integer	3000	Comprimento do fragmento
--fastani_skip_pairwise	boolean	false	Usar apenas montagens do RefSeq ou locais para cálculos de ANI

Utilizado Por

Subworkflows

• fastani - Calcula a Identidade Nucleotídica Média (ANI) entre genomas.

Workflows

• fastani - Cálculo rápido e sem alinhamento da Identidade Nucleotídica Média de genomas completos.

Citações

Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• FastANI
  Jain C, Rodriguez-R LM, Phillippy AM, Konstantinidis KT, Aluru S High throughput ANI analysis of 90K prokaryotic genomes reveals clear species boundaries. Nat. Commun. 9, 5114 (2018)

Fonte

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Versão

FASTANI:
    - fastani: 1.34