emmtyper

Tags: bacteria streptococcus-pyogenes gas typing emm virulence m-protein sample-scope

Tipagem emm de montagens de Streptococcus pyogenes (Estreptococo do Grupo A).

Utiliza o emmtyper para atribuir tipos emm a genomas de S. pyogenes, realizando BLAST da montagem contra um banco de dados de subtipos específicos do gene da proteína M (emm).

Entradas

record (
    meta: Record,
    fna: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Record Groovy contendo informações da amostra
fna	Path	Contigs montados no formato FASTA

blastdb: Path?

Nome	Tipo	Descrição
blastdb	Path?	Caminho para um banco de dados BLAST de cluster emm personalizado

Saídas

record (
    meta: Record,
    tsv: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro de informações da amostra
tsv	Path	Resumo delimitado por tabulação do tipo emm e cluster atribuídos
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo formatado em YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do emmtyper

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--emmtyper_wf	string	blast	Fluxo de trabalho a ser usado pelo emmtyper. (opções: blast, pcr)
--emmtyper_blastdb	string		Caminho para o banco de dados BLAST EMM personalizado.
--emmtyper_cluster_distance	integer	500	Distância entre grupos de correspondências para considerar como clusters diferentes
--emmtyper_percid	integer	95	Percentual mínimo de identidade da sequência
--emmtyper_culling_limit	integer	5	Total de hits a retornar em uma posição
--emmtyper_mismatch	integer	5	Limiar para o número de incompatibilidades permitidas no hit do BLAST
--emmtyper_align_diff	integer	5	Limiar para a diferença entre o comprimento do alinhamento e o comprimento do sujeito no BLAST
--emmtyper_gap	integer	2	Limiar de gap permitido no hit do BLAST
--emmtyper_min_perfect	integer	15	Tamanho mínimo de correspondência perfeita na extremidade 3' do primer
--emmtyper_min_good	integer	15	Tamanho mínimo onde deve haver 2 correspondências para cada incompatibilidade
--emmtyper_max_size	integer	2000	Tamanho máximo do produto de PCR

Utilizado Por

Subworkflows

• emmtyper - Prediz tipos emm de Streptococcus pyogenes a partir de montagens de genoma.

Workflows

• emmtyper - Tipagem emm de montagens de Streptococcus pyogenes.

Citações

Se você utilizar esta ferramenta em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• emmtyper
  Tan A, Seemann T, Lacey D, Davies M, Mcintyre L, Frost H, Williamson D, Gonçalves da Silva A emmtyper - emm Automatic Isolate Labeller (GitHub)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

EMMTYPER:
    - emmtyper: 0.2.0