eggnog_mapper

Tags: functional-annotation orthology cog kegg go proteins eggnog sample-scope

Anotação funcional de proteínas usando dados de ortologia eggNOG.

Utiliza o eggNOG-mapper para atribuir anotações funcionais a sequências de proteínas. Ele usa grupos ortólogos (OGs) pré-computados para inferir funções como categorias COG, vias KEGG, termos GO e CAZymes com alta precisão.

Banco de Dados Necessário

Requer que o banco de dados eggNOG (incluindo o banco de dados diamond e dados taxonômicos) esteja disponível.

Entradas

record (
    meta: Record,
    faa: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Groovy Record contendo informações da amostra
faa	Path	Sequências de proteínas no formato FASTA (aminoácidos)

db: Path

Nome	Tipo	Descrição
db	Path	Diretório ou arquivo tarball comprimido contendo o banco de dados eggNOG

Saídas

record (
    meta: Record,
    hits: Path,
    seed_orthologs: Path,
    annotations: Path,
    xlsx: Path?,
    orthologs: Path?,
    genepred: Path?,
    gff: Path?,
    no_anno: Path?,
    pfam: Path?,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro de informações da amostra
hits	Path	Resultados brutos de busca (Diamond/MMseqs2) contra o banco de dados eggNOG
seed_orthologs	Path	Lista de ortólogos semente identificados usados para transferência de anotação
annotations	Path	Arquivo de anotação principal delimitado por tabulação (COGs, KEGG, GO, etc.)
xlsx	Path?	Formato Excel do arquivo de anotações
orthologs	Path?	Lista de ortólogos detalhados
genepred	Path?	Sequências de genes preditas
gff	Path?	Anotações no formato GFF
no_anno	Path?	Arquivo FASTA de sequências que não foram anotadas
pfam	Path?	Resultados brutos de domínios PFAM
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do eggNOG Mapper

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--eggnog_genepred	string	search	Método a usar para predição de genes (opções: search, prodigal)
--eggnog_mode	string	diamond	Método para busca contra as sequências eggNOG (opções: diamond, hmmer, mmseqs, cache, no_search)
--eggnog_opts	string		Opções extras do eggNOG Mapper entre aspas

Usado Por

Subworkflows

• eggnog - Anotação funcional por atribuição de ortologia.

Workflows

• eggnog - Anotação funcional de proteínas usando grupos ortólogos e filogenias.

Citações

Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• eggNOG-mapper
  Huerta-Cepas J, Forslund K, Coelho LP, Szklarczyk D, Jensen LJ, von Mering C, Bork P Fast Genome-Wide Functional Annotation through Orthology Assignment by eggNOG-Mapper. Mol. Biol. Evol. 34, 2115-2122 (2017)

• DIAMOND
  Buchfink B, Xie C, Huson DH Fast and sensitive protein alignment using DIAMOND. Nat. Methods. 12, 59-60 (2015)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

EGGNOG_MAPPER:
    - eggnog-mapper: 2.1.13