eggnog_download

Tags: eggnog database download annotation functional orthology sample-scope

Baixe o banco de dados eggNOG para anotação funcional.

Obtém os dados de ortologia pré-computados e o banco de dados Diamond necessários pelo eggNOG-mapper. Isso inclui o extenso banco de dados de proteínas e as informações taxonômicas necessárias para uma atribuição precisa de ortólogos.

Conexão com a Internet e Espaço em Disco Necessários

Este processo requer uma conexão ativa com a internet e espaço em disco significativo (frequentemente >50GB) para armazenar os arquivos de banco de dados descomprimidos.

Saídas

record (
    db: Path?,
    db_tarball: Path?,
    logs: Set<Path?>
)

Campo	Tipo	Descrição
db	Path?	O diretório do banco de dados eggNOG (banco de dados Diamond e informações taxonômicas)
db_tarball	Path?	Um tarball comprimido do banco de dados (se solicitado via parâmetros)
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa

Parâmetros

Parâmetros do eggNOG Downloader

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--eggnog_db	string		Tarball ou caminho para os bancos de dados eggNOG
--download_eggnog	boolean	false	Necessário ao baixar o banco de dados eggNOG mais recente; irá sobrescrever os bancos de dados existentes.
--eggnog_save_as_tarball	string		Salva o banco de dados eggNOG como um único tarball
--eggnog_skip_diamond	boolean	false	Não instala o banco de dados Diamond
--eggnog_install_mmseq	boolean	false	Instala o banco de dados MMseqs2
--eggnog_install_pfam	boolean	false	Instala o banco de dados Pfam, necessário para anotação de novo ou realinhamento
--eggnog_install_hmm	boolean	false	Instala o banco de dados HMMER especificado com --hmmer_taxid
--eggnog_hmmer_taxid	integer	2	ID taxonômico do banco de dados HMM do eggNOG a ser baixado

Usado Por

Subworkflows

• eggnog - Anotação funcional por meio de atribuição de ortologia.

Workflows

• eggnog - Anotação funcional de proteínas usando grupos ortólogos e filogenias.

Citações

Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• eggNOG-mapper
  Huerta-Cepas J, Forslund K, Coelho LP, Szklarczyk D, Jensen LJ, von Mering C, Bork P Fast Genome-Wide Functional Annotation through Orthology Assignment by eggNOG-Mapper. Mol. Biol. Evol. 34, 2115-2122 (2017)

Fonte

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Versão

EGGNOG_DOWNLOAD:
    - eggnog-mapper: 2.1.13