ectyper

Tags: bacteria escherichia-coli serotype o-antigen h-antigen typing sample-scope

Prever o sorotipo de Escherichia coli (antígenos O e H).

Utiliza o ECTyper para identificar os genes do antígeno O (lipopolissacarídeo) e do antígeno H (flagelo) em montagens de genomas de E. coli via BLAST. Fornece uma predição de sorotipo padronizada (ex.: O157:H7).

Entradas

record (
    meta: Record,
    fna: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
fna	Path	Contigs montados no formato FASTA

Saídas

record (
    meta: Record,
    tsv: Path,
    txt: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
tsv	Path	Predições de sorotipo de E. coli (antígenos O e H) em formato delimitado por tabulação
txt	Path	Detalhes dos alelos BLAST para determinação do sorotipo
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo formatado em YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do ECTyper

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--ectyper_opid	inteiro	90	Percentual de identidade necessário para correspondência de um alelo do antígeno O
--ectyper_opcov	inteiro	90	Cobertura percentual mínima necessária para correspondência de um alelo do antígeno O
--ectyper_hpid	inteiro	95	Percentual de identidade necessário para correspondência de um alelo do antígeno H
--ectyper_hpcov	inteiro	50	Cobertura percentual mínima necessária para correspondência de um alelo do antígeno H
--ectyper_verify	booleano	false	Habilita a verificação de espécie de E. coli
--ectyper_print_alleles	booleano	false	Imprime as sequências dos alelos como coluna final, quando habilitado

Usado Por

Subworkflows

• ectyper - Predição in silico do sorotipo de Escherichia coli.

Workflows

• ectyper - Predição in silico do sorotipo de Escherichia coli.

Citações

Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• ECTyper
  Laing C, Bessonov K, Sung S, La Rose C ECTyper - In silico prediction of Escherichia coli serotype (GitHub)

Fonte

Ver código-fonte no GitHub

Versão

ECTYPER:
    - ectyper: 2.0.0