defensefinder_update

Tags: bacteria defense database download hmm casfinder crispr run-scope

Baixa e empacota os bancos de dados de modelos do DefenseFinder e do CasFinder.

Busca os perfis HMM mais recentes dos repositórios do DefenseFinder e do CasFinder, e então os empacota em um único tarball para uso pelo módulo DefenseFinder.

Conexão com a Internet Necessária

Este processo requer uma conexão ativa com a internet para buscar os modelos do GitHub.

Saídas

record (
    db: Path,
    logs: Set<Path?>
)

Campo	Tipo	Descrição
db	Path	Um tarball comprimido contendo os modelos do DefenseFinder e do CasFinder
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa

Usado Por

Subworkflows

• defensefinder - Busca sistematicamente por sistemas de defesa anti-fago.

Workflows

• defensefinder - Identificação sistemática de sistemas de defesa anti-fago.

Citações

Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• DefenseFinder
  Tesson F, Hervé A, Mordret E, Touchon M, d'Humières C, Cury J, Bernheim A Systematic and quantitative view of the antiviral arsenal of prokaryotes. Nature Communications, 13(1), 2561. (2022)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

DEFENSEFINDER_UPDATE:
    - defense-finder: 2.0.1