defensefinder_run

Tags: bacteria defense-systems antiviral phage crispr restriction-modification hmm macsyfinder sample-scope

Detectar sistemas de defesa anti-fago usando perfis HMM.

Utiliza o DefenseFinder para buscar sistematicamente em sequências de proteínas sistemas de defesa antiviral conhecidos (por exemplo, CRISPR-Cas, Restrição-Modificação, sistemas TA, CBASS) usando MacSyFinder e um banco de dados dedicado de modelos HMM.

Banco de Dados Necessário

Requer que o banco de dados HMM do DefenseFinder esteja disponível.

Entradas

record (
    meta: Record,
    faa: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
faa	Path	Sequências de proteínas no formato FASTA (aminoácidos)

db: Path

Nome	Tipo	Descrição
db	Path	Diretório contendo o banco de dados de modelos do DefenseFinder

Saídas

record (
    meta: Record,
    genes_tsv: Path,
    hmmer_tsv: Path,
    systems_tsv: Path,
    proteins: Path?,
    proteins_index: Path?,
    macsydata_raw: Path?,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
genes_tsv	Path	Lista delimitada por tabulação dos genes de defesa detectados
hmmer_tsv	Path	Lista delimitada por tabulação dos hits do HMMER usados na detecção
systems_tsv	Path	Resumo delimitado por tabulação dos sistemas de defesa detectados
proteins	Path?	Sequências de proteínas dos genes de defesa detectados
proteins_index	Path?	Arquivo de índice para as sequências de proteínas
macsydata_raw	Path?	Tarball comprimido dos dados brutos do MacSyFinder
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (por exemplo, .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo formatado em YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do defense-finder

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--defensefinder_coverage	number	0.4	Percentual mínimo de cobertura para cada perfil
--defensefinder_dbtype	string	ordered_replicon	A opção --db-type do macsyfinder (opções: ordered_replicon, gembase, unordered)
--defensefinder_preserveraw	boolean		Preservar as saídas brutas do MacsyFinder junto com os resultados do Defense Finder no diretório de saída
--defensefinder_nocutga	boolean		Avançado! Executar o macsyfinder no modo no-cut-ga. A validade dos genes e sistemas encontrados não é garantida!

Usado Por

Subworkflows

• defensefinder - Buscar sistematicamente sistemas de defesa anti-fago.

Workflows

• defensefinder - Identificação sistemática de sistemas de defesa anti-fago.

Citações

Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• DefenseFinder
  Tesson F, Hervé A, Mordret E, Touchon M, d'Humières C, Cury J, Bernheim A Systematic and quantitative view of the antiviral arsenal of prokaryotes. Nature Communications, 13(1), 2561. (2022)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

DEFENSEFINDER_RUN:
    - defense-finder: 2.0.1