csvtk_join

Tags: utility table join merge csv tsv csvtk relational run-scope

Une dois arquivos CSV ou TSV com base em campos comuns.

Utiliza o csvtk join para mesclar dois arquivos tabulares horizontalmente, combinando valores em uma coluna-chave especificada (semelhante a um JOIN do SQL). Suporta joins do tipo inner, left, right e outer por meio de argumentos opcionais.

Entradas

record (
    meta: Record,
    csv1: Path,
    csv2: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Record Groovy contendo informações da amostra
csv1	Path	O primeiro arquivo CSV/TSV (tabela da esquerda)
csv2	Path	O segundo arquivo CSV/TSV (tabela da direita)

in_format: String
out_format: String
key: String

Nome	Tipo	Descrição
in_format	String	String de formato de entrada ('csv', 'tsv' ou um caractere delimitador específico)
out_format	String	String de formato de saída ('csv', 'tsv' ou um caractere delimitador específico)
key	String	Nome(s) ou índice(s) da coluna a ser usada como chave de junção (ex.: "sample_id" ou "1")

Saídas

record (
    meta: Record,
    csv: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Record com informações da amostra
csv	Path	O arquivo tabular resultante da junção (*.csv ou *.tsv)
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log específicos do programa (opcionais)
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do csvtk join

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--csvtk_join_opts	string		Opções extras do csvtk join entre aspas

Usado Por

Subworkflows

• teton - Realiza classificação taxonômica e estima tamanhos de genomas bacterianos.

Workflows

• teton - Classificação taxonômica e perfil de abundância de reads metagenômicos.

Citações

Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• csvtk
  Shen, W csvtk: A cross-platform, efficient and practical CSV/TSV toolkit in Golang. (GitHub)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

CSVTK_JOIN:
    - csvtk: 0.31.0