csvtk_concat

Tags: utility table merge concat csv tsv csvtk run-scope

Concatenar múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.

Utiliza o csvtk concat para mesclar uma lista de arquivos delimitados por linha. Ele gerencia o processamento de cabeçalhos (mantendo apenas um cabeçalho) e suporta conversão de formato (por exemplo, mesclando CSVs mas gerando um TSV como saída).

Entradas

record (
    meta: Record,
    csv: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
csv	Set<Path>	Uma lista de arquivos CSV/TSV a serem concatenados

in_format: String
out_format: String

Nome	Tipo	Descrição
in_format	String	String de formato de entrada ('csv', 'tsv', ou um caractere delimitador específico)
out_format	String	String de formato de saída ('csv', 'tsv', ou um caractere delimitador específico)

Saídas

record (
    meta: Record,
    csv: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro de informações da amostra
csv	Path	Resultados concatenados de todas as amostras no formato de saída especificado
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Um arquivo formatado em YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do csvtk concat

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--csvtk_concat_opts	string		Opções extras do csvtk concat entre aspas

Usado Por

Subworkflows

• abritamr - Identificar genes de resistência antimicrobiana usando AMRFinderPlus.
• agrvate - Identificar o tipo de locus agr e variantes do operon em Staphylococcus aureus.
• amrfinderplus - Encontrar genes de resistência antimicrobiana e mutações pontuais.
• ariba - Identificar genes rapidamente criando montagens locais a partir de reads pareados.
• bactopia_assembler - Montar genomas bacterianos usando seleção automatizada de montador.
• bactopia_gather - Pesquisar, validar, reunir e padronizar amostras de entrada.
• blastn - Pesquisar em um banco de dados de nucleotídeos usando sequências de consulta de nucleotídeos.
• blastp - Pesquisar sequências de proteínas em banco de dados de proteínas.
• blastx - Traduzir sequências de nucleotídeos e pesquisar em banco de dados de proteínas.
• bracken - Estimar a abundância de espécies a partir de reads metagenômicos.
• btyper3 - Classificação taxonômica in silico de genomas do grupo Bacillus cereus.
• busco - Avaliar a completude da montagem de genoma usando BUSCO.
• checkm - Avaliar a completude de bins metagenômicos usando CheckM.
• checkm2 - Avaliar a completude de bins metagenômicos usando CheckM2.
• clermontyping - Prever filogrupos de Escherichia coli a partir de montagens de genoma.
• defensefinder - Pesquisar sistematicamente sistemas de defesa anti-fago.
• ectyper - Predição in silico do sorotipo de Escherichia coli.
• emmtyper - Prever tipos emm de Streptococcus pyogenes a partir de montagens de genoma.
• fastani - Calcular a Identidade Nucleotídica Média (ANI) entre genomas.
• gamma - Avaliação Microbiana de Alelos e Mutações Gênicas.
• genotyphi - Atribuir genótipos a genomas de Salmonella Typhi.
• gigatyper - Executar todos os esquemas MLST disponíveis para uma espécie contra uma montagem.
• gtdb - Classificação taxonômica com o Genome Taxonomy Database.
• hicap - Sorotipagem in silico do locus capsular de Haemophilus influenzae.
• hpsuissero - Sorotipagem rápida de Haemophilus parasuis.
• kleborate - Ferramenta de genotipagem para Klebsiella pneumoniae e seu complexo de espécies relacionadas.
• legsta - Tipagem baseada em sequência de Legionella pneumophila in silico.
• lissero - Predição in silico de sorotipo para Listeria monocytogenes.
• mashdist - Calcular distâncias Mash entre sequências e uma referência.
• mcroni - Scripts para encontrar e processar variantes de promotor a montante de mcr-1.
• meningotype - Prever sorotipos de Neisseria meningitidis a partir de montagens de genoma.
• midas - Perfil de espécies a partir de dados metagenômicos.
• mlst - Determinar tipos de sequência multilocus (MLST) a partir de montagens bacterianas.
• mobsuite - Reconstruir e tipar plasmídeos a partir de montagens de genoma bacteriano.
• mykrobe - Prever resistência a antibióticos a partir de reads de sequenciamento.
• ngmaster - Realizar tipagem de sequência multi-antígeno de Neisseria gonorrhoeae a partir de montagens de genoma.
• pasty - Prever sorogrupos de Pseudomonas aeruginosa a partir de montagens.
• pbptyper - Prever tipos de proteína de ligação à penicilina (PBP) de Streptococcus pneumoniae a partir de montagens de genoma.
• phispy - Predição de profagos em genomas bacterianos.
• plasmidfinder - Identificar replicons de plasmídeos em montagens de genoma bacteriano.
• quast - Avaliar a qualidade da montagem usando QUAST.
• rgi - Prever resistência antimicrobiana a partir de dados de proteína ou nucleotídeo.
• sccmec - Identificar elementos SCCmec em genomas de Staphylococcus aureus.
• scrubber - Remover sequências contaminantes de dados metagenômicos.
• seqsero2 - Prever sorotipos de Salmonella a partir de montagens de genoma.
• seroba - Pipeline baseado em k-mer para identificar o sorotipo de Streptococcus pneumoniae.
• shigapass - Prever sorotipos de Shigella a partir de montagens.
• shigatyper - Prever sorotipos de Shigella a partir de reads ou montagens.
• shigeifinder - Prever sorotipos de Shigella e EIEC a partir de montagens.
• sistr - Ferramenta de linha de comando do Salmonella In Silico Typing Resource.
• spatyper - Prever tipos spa de Staphylococcus aureus a partir de montagens de genoma.
• ssuissero - Prever sorotipos de Streptococcus suis a partir de montagens de genoma.
• staphopiasccmec - Identificar elementos SCCmec em genomas de Staphylococcus aureus usando o método Staphopia.
• staphscan - Análise de vigilância baseada em genoma de Staphylococcus aureus.
• stecfinder - Identificar e sorotipificar E. coli produtora de toxina Shiga (STEC) a partir de montagens.
• sylph - Perfil da composição microbiana usando Sylph.
• tblastn - Pesquisar sequências de consulta de proteína em banco de dados de nucleotídeos.
• tblastx - Traduzir sequências de consulta de nucleotídeos e pesquisar em banco de dados de nucleotídeos.
• teton - Realizar classificação taxonômica e estimar tamanhos de genoma bacteriano.
• traitar - Prever características fenotípicas a partir de genomas microbianos.

Workflows

• abritamr - Uma ferramenta acreditada pela NATA para reportar a presença de genes de resistência antimicrobiana.
• agrvate - Identificação rápida do tipo de locus agr e variantes do operon agr em Staphylococcus aureus.
• amrfinderplus - Bactopia Tool: Amrfinderplus.
• ariba - Identificação de genes por meio de montagens locais.
• bactopia - Pipeline abrangente de análise bacteriana para caracterização genômica completa.
• blastn - Pesquisar em bancos de dados BLAST de nucleotídeos usando consultas de nucleotídeos.
• blastp - Pesquisar em bancos de dados BLAST de proteínas usando consultas de proteínas.
• blastx - Pesquisar em bancos de dados BLAST de proteínas usando consultas de nucleotídeos traduzidos.
• bracken - Estimar a abundância taxonômica de amostras metagenômicas.
• btyper3 - Classificação taxonômica de isolados do grupo Bacillus cereus.
• busco - Avaliação da completude da montagem de genoma usando expectativas evolutivamente informadas.
• checkm - Avaliação da qualidade da montagem de genoma microbiano.
• checkm2 - Avaliação baseada em aprendizado de máquina da qualidade da montagem de genoma microbiano.
• cleanyerreads - Controle de qualidade e remoção opcional de reads do hospedeiro a partir de reads de sequenciamento brutos.
• clermontyping - Filogerotipagem in silico do gênero Escherichia.
• defensefinder - Identificação sistemática de sistemas de defesa anti-fago.
• ectyper - Predição in silico do sorotipo de Escherichia coli.
• emmtyper - Tipagem emm de montagens de Streptococcus pyogenes.
• fastani - Cálculo rápido sem alinhamento da Identidade Nucleotídica Média de genoma completo.
• gamma - Identificação, classificação e anotação de correspondências de genes traduzidos.
• genotyphi - Genotipagem de Salmonella Typhi com atribuição de linhagem.
• gigatyper - Executar todos os esquemas MLST disponíveis para uma espécie contra uma montagem.
• gtdb - Identificar genes marcadores e atribuir classificações taxonômicas usando GTDB.
• hicap - Identificar sorotipo e estrutura do locus cap em montagens de Haemophilus influenzae.
• hpsuissero - Predição de sorotipo de montagens de Haemophilus parasuis.
• kleborate - Triagem abrangente de genomas de Klebsiella para determinantes de virulência e resistência.
• legsta - Tipagem Baseada em Sequência (SBT) de Legionella pneumophila.
• lissero - Predição de tipagem de sorogrupo para Listeria monocytogenes.
• mashdist - Calcular distâncias Mash entre sequências e genomas de referência.
• mcroni - Análise de variação de sequência de genes mcr-1 (resistência a colistina mobilizada).
• meningotype - Tipagem abrangente de Neisseria meningitidis.
• midas - Estimar abundâncias de espécies a partir de amostras metagenômicas.
• mlst - Chamada automática de Tipo de Sequência Multi-Locus (MLST) a partir de contigs montados.
• mobsuite - Reconstrução e anotação de plasmídeos a partir de montagens de genoma bacteriano.
• mykrobe - Detecção de resistência antimicrobiana para espécies bacterianas específicas.
• ngmaster - Tipagem de sequência multi-antígeno de Neisseria gonorrhoeae.
• pasty - Soroagrupamento in silico de isolados de Pseudomonas aeruginosa.
• pbptyper - Tipagem de Proteína de Ligação à Penicilina (PBP) para Streptococcus pneumoniae.
• phispy - Predição de profagos em genomas bacterianos e arqueais.
• plasmidfinder - Bactopia Tool: Plasmidfinder.
• quast - Avaliação da qualidade de contigs montados usando QUAST.
• rgi - Predição de genes de resistência a antibióticos usando RGI.
• sccmec - Tipagem de cassetes SCCmec em montagens de Staphylococcus aureus.
• scrubber - Remoção de sequências humanas e contaminantes de reads metagenômicos.
• seqsero2 - Predição de sorotipo de Salmonella a partir de reads de sequenciamento ou montagens.
• seroba - Sorotipagem de Streptococcus pneumoniae a partir de reads Illumina pareados.
• shigapass - Predição de sorotipos de Shigella e diferenciação de EIEC.
• shigatyper - Determinação rápida de sorotipos de Shigella a partir de reads de sequenciamento.
• shigeifinder - Predição in silico de sorotipo para Shigella e E. coli Enteroinvasiva (EIEC).
• sistr - Predição de serovar de Salmonella enterica a partir de montagens.
• spatyper - Tipagem spa de montagens de Staphylococcus aureus.
• ssuissero - Predição de sorotipo de montagens de Streptococcus suis.
• staphopia - Pipeline de análise abrangente para isolados de Staphylococcus aureus.
• staphscan - Análise de vigilância baseada em genoma de Staphylococcus aureus.
• stecfinder - Identificação de sorotipo de E. coli produtora de toxina Shiga.
• sylph - Perfil taxonômico por MinHash com correção de abundância.
• tblastn - Pesquisar em bancos de dados de nucleotídeos traduzidos usando consultas de proteínas.
• tblastx - Pesquisar em bancos de dados de nucleotídeos traduzidos usando consultas de nucleotídeos traduzidos.
• teton - Classificação taxonômica e perfil de abundância de reads metagenômicos.
• traitar - Prever características fenotípicas a partir de genomas microbianos.

Citações

Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• csvtk
  Shen, W csvtk: A cross-platform, efficient and practical CSV/TSV toolkit in Golang. (GitHub)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

CSVTK_CONCAT:
    - csvtk: 0.31.0