clonalframeml

Tags: bacteria recombination phylogeny alignment msa evolution run-scope

Inferência de recombinação em genomas bacterianos.

Utiliza o ClonalFrameML para detectar eventos de recombinação em genomas bacterianos. Ele corrige a árvore filogenética para recombinação e produz um alinhamento "mascarado" onde as regiões recombinantes são removidas, permitindo uma inferência filogenética mais precisa.

Entradas

record (
    meta: Record,
    aln: Path,
    nwk: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
aln	Path	Alinhamento de múltiplas sequências em formato FASTA
nwk	Path	Árvore filogenética inicial em formato Newick

Saídas

record (
    meta: Record,
    emsim: Path?,
    em: Path,
    status: Path,
    nwk: Path,
    fasta: Path,
    pos_ref: Path,
    masked_aln: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
emsim	Path?	Resultados de estimativa de incerteza (se solicitado)
em	Path	Estimativas finais dos parâmetros do algoritmo EM
status	Path	Lista delimitada por tabulação dos eventos de recombinação previstos (importações)
nwk	Path	A árvore de entrada com nós internos rotulados
fasta	Path	Sequências ancestrais reconstruídas (*.fasta.gz)
pos_ref	Path	Tabela de referência cruzada de posições (*.txt.gz)
masked_aln	Path	O alinhamento de entrada com regiões recombinantes mascaradas (*.aln.gz)
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do ClonalFrameML

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--clonalframeml_emsim	inteiro	100	Número de simulações para estimar a incerteza nos resultados do EM
--clonalframeml_opts	string		Opções extras do ClonalFrameML entre aspas
--skip_recombination	booleano	false	Pular a execução do ClonalFrameML nos subworkflows

Utilizado Por

Subworkflows

• clonalframeml - Detecta e mascara eventos de recombinação em filogenias bacterianas.

Workflows

• pangenome - Análise de pan-genoma com filogenia de genoma core opcional.

Citações

Se você usar esta ferramenta em sua análise, por favor cite o seguinte.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• ClonalFramML
  Didelot X, Wilson DJ ClonalFrameML: Efficient Inference of Recombination in Whole Bacterial Genomes. PLoS Comput Biol 11(2) e1004041 (2015)

• maskrc-svg
  Kwong J maskrc-svg - Masks recombination as detected by ClonalFrameML or Gubbins and draws an SVG. (GitHub)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

CLONALFRAMEML:
    - clonalframeml: 1.12