clermontyping

Tags: bacteria escherichia-coli typing phylotyping pcr phylogroup sample-scope

Determine o filogrupo de isolados de Escherichia coli.

Utiliza o ClermonTyping para realizar a detecção in silico por PCR de genes marcadores específicos (arpA, chuA, yjaA, TspE4.C2). Isso atribui o isolado a um dos principais filogrupos de E. coli (A, B1, B2, C, D, E, F, G ou Cryptic).

Entradas

record (
    meta: Record,
    fna: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
fna	Path	Contigs montados em formato FASTA

Saídas

record (
    meta: Record,
    tsv: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
tsv	Path	Atribuição do filogrupo de E. coli delimitada por tabulação com os genes marcadores detectados
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log específicos do programa (opcionais)
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do ClermonTyping

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--clermontyping_threshold	inteiro	0	Não utilizar contigs abaixo deste tamanho

Utilizado Por

Subworkflows

• clermontyping - Prediz filogrupos de Escherichia coli a partir de montagens de genomas.

Workflows

• clermontyping - Filotipagem in silico do gênero Escherichia.

Citações

Se você utilizar este módulo em sua análise, por favor cite o seguinte.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• ClermontTyping
  Beghain J, Bridier-Nahmias A, Le Nagard H, Denamur E, Clermont O. ClermonTyping: an easy-to-use and accurate in silico method for Escherichia genus strain phylotyping. Microbial Genomics, 4(7), e000192. (2018)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

CLERMONTYPING:
    - clermontyping: 24.02